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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4i0h | ||||||
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タイトル | SPR and structural analysis yield insight towards mechanism of inhibition of BACE inhibitors. | ||||||
要素 | Beta-secretase 1Β-セクレターゼ1 | ||||||
キーワード | hydrolase/hydrolase inhibitor / BACE / Asp protease / hydrolysis (加水分解) / hydrolase-hydrolase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process ...Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / エンドソーム / response to lead ion / ゴルジ体 / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / シナプス小胞 / late endosome / amyloid-beta binding / peptidase activity / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / リソソーム / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / 神経繊維 / 小胞体 / neuronal cell body / 樹状突起 / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Yao, N. / Brecht, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: SPR and structural analysis yield insight towards mechanism of inhibition of BACE inhibitors 著者: Mondal, K. / Regnstrom, K. / Morishige, W. / Barbour, R. / Beroza, P. / Yao, N. / Bova, M.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4i0h.cif.gz | 232.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4i0h.ent.gz | 196.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4i0h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/4i0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i0/4i0h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45445.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.51 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: Human BACE protein containing residues 57-453 and a C-terminal 6His-tag was concentrated to 6mg/ml in buffer 0.1M borate pH 8.5. Compound was added to give a final molar access of compound: ...詳細: Human BACE protein containing residues 57-453 and a C-terminal 6His-tag was concentrated to 6mg/ml in buffer 0.1M borate pH 8.5. Compound was added to give a final molar access of compound:protein of 8:1. Protein and compound were then incubated on ice for 1 hour. The drops were set up with a 1:1(v/v) ratio of protein to mother liquor in a total volume of 2 ul. Diffraction quality crystals of BACE in complex with compound was obtained by sitting-drop vapor diffusion method at 291K against a reservoir containing 0.1 M sodium acetate, 2% PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→60 Å / Num. all: 84800 / Num. obs: 87435 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→60 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.136 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.888 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→60 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 2870 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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