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万見
- PDB-4hnd: Crystal structure of the catalytic domain of Selenomethionine sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hnd
タイトルCrystal structure of the catalytic domain of Selenomethionine substituted human PI4KIIalpha in complex with ADP
要素Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PI3K/PI4K kinase / lipid kinase (キナーゼ) / ATP binding (アデノシン三リン酸) / Palmitoylation (パルミトイル化反応) / membrane anchoring
機能・相同性
機能・相同性情報


growing cell tip / AP-3 adaptor complex binding / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / endosome organization / phosphatidylinositol biosynthetic process / Golgi organization / Synthesis of PIPs at the plasma membrane ...growing cell tip / AP-3 adaptor complex binding / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / endosome organization / phosphatidylinositol biosynthetic process / Golgi organization / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / ゴルジ体 / presynaptic membrane / perikaryon / cytoplasmic vesicle / early endosome membrane / エンドソーム / neuron projection / 脂質ラフト / lysosomal membrane / リン酸化 / ゴルジ体 / neuronal cell body / 樹状突起 / magnesium ion binding / ミトコンドリア / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Type II phosphatidylinositol 4-kinase Lsb6/PI4K2 / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhou, Q. / Zhai, Y. / Zhang, K. / Chen, C. / Sun, F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Molecular insights into the membrane-associated phosphatidylinositol 4-kinase II alpha.
著者: Zhou, Q. / Li, J. / Yu, H. / Zhai, Y. / Gao, Z. / Liu, Y. / Pang, X. / Zhang, L. / Schulten, K. / Sun, F. / Chen, C.
履歴
登録2012年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Structure summary

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha
B: Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7864
ポリマ－87,9312
非ポリマー8542
水0
1
A: Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha
B: Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)710,28432
ポリマ－703,44916
非ポリマー6,83516
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
crystal symmetry operation5_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation6_545x,-y-1,-z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area52040 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area264840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.953, 192.953, 157.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-alpha / Phosphatidylinositol 4-kinase type II-alpha


分子量: 43965.562 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 78-453 / 変異: C174S, C175S, C177S, C178S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: Humanヒト / 遺伝子: PI4K2A, PI4KIIA / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BTU6, 1-phosphatidylinositol 4-kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.56 %
結晶化温度: 289 K / pH: 5.8
詳細: 0.1 M citric acid, 150 mM sodium chloride, 1 mM dithiothreitol, 20 mM magnesium chloride, 18% PEG400, 20 mM hexaethylene glycol monooctyl ether (C8E6), pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月10日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→136.44 Å / Num. obs: 24746 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 78.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.846 / Mean I/σ(I) obs: 2.94 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→136.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 15.043 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.533 / ESU R Free: 0.381 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1256 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 24746 100 %-
all-24746 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.47 Å20 Å20 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3---2.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→136.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5595 0 54 0 5649
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.025786
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2791.9757861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6755682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.18124.035285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.66915942
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3931540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.29 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 98 -
Rwork0.244 1556 -
obs--97.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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