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万見
- PDB-4guk: New crystal form structure of human NCS1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4guk
タイトルNew crystal form structure of human NCS1
要素Neuronal calcium sensor 1
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / alpha / neuronal calcium sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of neuron projection development / voltage-gated calcium channel activity / postsynaptic density / 神経繊維 / intracellular membrane-bounded organelle / 樹状突起 / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 ...calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / regulation of neuron projection development / voltage-gated calcium channel activity / postsynaptic density / 神経繊維 / intracellular membrane-bounded organelle / 樹状突起 / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EFハンド / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Recoverin family / EFハンド / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
アラニン / Chem-P2G / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE / Neuronal calcium sensor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Fan, C. / Lolis, E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: new crystal form structure of human NCS1
著者: Fan, C. / Lolis, E.
履歴
登録2012年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22019年1月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuronal calcium sensor 1
C: Neuronal calcium sensor 1
B: Neuronal calcium sensor 1
D: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,69438
ポリマ－87,6114
非ポリマー4,08334
水6,738374
1
A: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,62110
ポリマ－21,9031
非ポリマー7189
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8668
ポリマ－21,9031
非ポリマー9637
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,33611
ポリマ－21,9031
非ポリマー1,43310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8729
ポリマ－21,9031
非ポリマー9698
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.987, 54.987, 213.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質
Neuronal calcium sensor 1 / / NCS-1 / Frequenin homolog / Frequenin-like protein / Frequenin-like ubiquitous protein


分子量: 21902.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 0.1mMIPTG 16C induction / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: humanヒト / 遺伝子: FLUP, FREQ, NCS1 / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62166

-
非ポリマー , 8種, 408分子

#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-P3G / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE / テトラエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 250.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O5
#7: 化合物
ChemComp-P2G / (2S,4R,6R,6AS)-4-(2-AMINO-6-OXO-1,6-DIHYDROPURIN-9-YL)-6-(HYDROXYMETHYL)-TETRAHYDROFURO[3,4-D][1,3]DIOXOL-2-YLPHOSPHONI C ACID / GUANOSINE-2',3'-O-METHYLIDENEPHOSPHONATE / 2′-O,3′-O-[(S)-ホスホノメチレン]グアノシン


分子量: 375.231 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N5O8P
#8: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH6.5, 0.2M NaAC, 30%PEG8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月28日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 75302 / Num. obs: 73721 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 2.7 / Observed criterion σ(I): 2.7 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 11

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: human NCS1

解像度: 1.75→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2426 2009 2.75 %random
Rwork0.2014 ---
all0.2014 75302 --
obs0.2014 73721 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5858 0 170 374 6402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.019
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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