PDB-4gij: Crystal Structure of Pseudouridine Monophosphate Glycosidase Comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4gij

タイトル

Crystal Structure of Pseudouridine Monophosphate Glycosidase Complexed with Sulfate

要素

Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / alpha-beta-alpha sandwich fold

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleobase catabolic process /

pseudouridylate synthase /

pseudouridylate synthase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / manganese ion binding / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.941 Å

データ登録者

Huang, S. / Mahanta, N. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Pseudouridine monophosphate glycosidase: a new glycosidase mechanism.
著者: Huang, S. / Mahanta, N. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.

履歴

登録	2012年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月2日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4gij.cif.gz	183.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4gij.ent.gz	142.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4gij.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/4gij	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4gikC 4gilC 4gimC 1vkmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4gim-d 4gik-d 4gil-d 3ih8-1 4ex9-1 1vkm-1 3if5-1 4gvs-d 4ex8-1 3ih8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase

B: Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase

C: Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase

ヘテロ分子

107 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.102, 115.403, 132.017
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pseudouridine-5'-phosphate glycosidase / pseudouridine monophosphate glycosidase / PsiMP glycosidase 分子量: 35623.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: b2165, JW2152, psuG, yeiN / プラスミド: THT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P33025, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.43 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG4000, 0.1 M Tris, 0.2 M sodium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月17日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 70995 / Num. obs: 70782 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.056 / R_sym value: 0.055 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.94-2.01	5.5	0.385	1	99.6
2.01-2.09	5.6	0.268	1	99.7
2.09-2.18	5.6	0.192	1	99.4
2.18-2.3	5.7	0.137	1	99.9
2.3-2.44	5.7	0.107	1	99.9
2.44-2.63	5.8	0.078	1	100
2.63-2.9	5.8	0.056	1	100
2.9-3.32	5.9	0.044	1	100
3.32-4.18	5.9	0.048	1	99.9
4.18-50	5.7	0.032	1	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VKM

1vkm

解像度: 1.941→43.443 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.51 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2195	3572	5.05 %
R_work	0.1851	-	-
obs	0.1868	70721	99.71 %
all	-	70937	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.325 Å² / k_sol: 0.363 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.3283 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.6175 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.7108 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.941→43.443 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6404	0	18	365	6787

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6569
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.173	8960
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.73	2256
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	1113
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1163

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9406-1.9661	0.2638	142	0.2182	2502	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9661-1.9931	0.2437	167	0.1998	2550	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9931-2.0215	0.2297	124	0.2023	2533	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0215-2.0517	0.2542	130	0.1899	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0517-2.0838	0.2302	145	0.1882	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0838-2.1179	0.2157	127	0.1746	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1179-2.1544	0.2116	140	0.1693	2539	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1544-2.1936	0.2637	121	0.1801	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1936-2.2358	0.2205	128	0.1886	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2358-2.2814	0.2385	137	0.18	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2814-2.3311	0.2388	134	0.1867	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3311-2.3853	0.2643	125	0.1909	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3853-2.4449	0.2467	159	0.195	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4449-2.511	0.2542	156	0.1941	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.511-2.5849	0.2345	139	0.186	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5849-2.6683	0.1881	149	0.1757	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6683-2.7637	0.2431	143	0.1799	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7637-2.8743	0.2372	129	0.1888	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8743-3.0051	0.2543	119	0.1918	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0051-3.1635	0.2665	149	0.1958	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1635-3.3616	0.2064	124	0.1885	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3616-3.621	0.2234	142	0.1891	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.621-3.9852	0.2154	117	0.1745	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9852-4.5614	0.1612	149	0.1534	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5614-5.7447	0.1989	132	0.1809	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7447-43.4539	0.1965	145	0.2079	2756	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5432	-1.7265	0.911	3.4536	0.4286	2.0225	0.1815	0.4395	0.1184	-0.3366	-0.1617	0.0757	0.0836	0.0129	-0.0719	0.1118	-0.0174	-0.0366	0.2157	0.0276	0.1885	14.3122	-23.9491	-22.7538
2	1.344	0.0119	0.4803	1.4897	0.1497	1.0859	-0.0003	0.2097	0.0585	-0.1478	0.0181	0.0009	0.0229	0.127	-0.0264	0.0495	0.0009	0.0134	0.1005	0.0086	0.0646	24.6722	-16.6837	-14.2684
3	1.6632	-0.5646	0.8928	3.2457	0.7058	1.5412	0.11	0.5437	0.1642	-0.5265	0.0329	-0.6295	-0.0813	0.5703	0.2884	0.1637	-0.003	0.0878	0.3203	0.0031	0.2079	31.3644	-23.9617	-16.2855
4	0.5698	0.6432	0.1702	4.1138	2.7829	3.1248	-0.0575	-0.2412	-0.067	0.9971	0.0781	-0.0183	0.7333	0.1663	-0.1389	0.3966	0.0269	0.0822	0.2522	-0.0969	0.1487	20.9703	-8.1203	22.5108
5	1.1307	0.1709	-0.4685	1.4539	0.528	1.7938	-0.0292	-0.277	0.1366	0.2858	0.0862	-0.2418	-0.0464	0.3558	0.015	0.1554	-0.0167	-0.0447	0.2027	-0.0638	0.1524	32.9079	-0.2033	12.3926
6	1.1985	-0.7985	0.0575	0.849	-0.7644	2.7037	0.0163	0.0642	0.4565	-0.0878	0.1176	0.3254	-0.7836	-0.2931	-0.1489	0.5827	0.1302	-0.1203	0.214	0.0044	0.5855	13.3503	24.4028	-11.6356
7	0.5613	-0.56	0.1819	0.5968	-0.0333	0.616	-0.1088	0.0416	0.5819	0.0557	-0.0078	0.1855	-0.7306	0.0824	0.0927	0.5275	-0.0115	-0.0968	0.1655	-0.0324	0.4037	21.2991	21.3696	-3.1763
8	0.516	0.0335	0.2342	1.0169	-0.1756	1.3128	-0.1827	0.2446	0.3163	-0.2725	0.0396	-0.0724	-0.4331	0.2198	0.1049	0.2865	-0.1101	-0.0599	0.1896	0.0785	0.2101	29.1707	8.5454	-16.8853
9	0.3642	0.4813	-0.5177	0.7368	-0.4474	1.2972	-0.125	0.0468	0.2833	-0.1036	0.0054	-0.0368	-0.5241	0.4166	-0.0584	0.3772	-0.1426	-0.1469	0.2248	0.1833	0.2047	27.74	14.07	-23.4386

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 6:57)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 58:224)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 225:311)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 5:77)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 78:311)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resseq 6:77)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 78:123)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 124:198)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 199:311)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)