+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ez7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CDK2 in complex with staurosporine and 2 molecules of 8-anilino-1-naphthalene sulfonic acid | ||||||
要素 | Cyclin-dependent kinase 2サイクリン依存性キナーゼ2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / protein kinase (プロテインキナーゼ) / ANS / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation ...cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X染色体 / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cellular response to nitric oxide / サイクリン依存性キナーゼ / カハール体 / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin binding / post-translational protein modification / meiotic cell cycle / positive regulation of DNA replication / response to organic substance / male germ cell nucleus / G1/S transition of mitotic cell cycle / potassium ion transport / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / 遺伝的組換え / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / 細胞老化 / Regulation of TP53 Degradation / 核膜 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 遺伝子発現の調節 / peptidyl-serine phosphorylation / Ras protein signal transduction / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / DNA複製 / chromosome, telomeric region / エンドソーム / クロマチンリモデリング / 細胞分裂 / protein domain specific binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / DNA修復 / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Alam, R. / Martin, M.P. / Zhu, J.-Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2012 タイトル: A Novel Approach to the Discovery of Small-Molecule Ligands of CDK2. 著者: Martin, M.P. / Alam, R. / Betzi, S. / Ingles, D.J. / Zhu, J.Y. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ez7.cif.gz | 78.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4ez7.ent.gz | 57 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ez7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ez7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ez7 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34761.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2, CDKN2 / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER(DE3) 参照: UniProt: P24941, サイクリン依存性キナーゼ | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-STU / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.23 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5 mg/mL CDK2 protein, 50 mM sodium/potassium phosphate, pH 7.5, 50 mM HEPES, pH 7.5, 5% v/v PEG3350, 1 mM staurosporine overnight soak followed by 20 mM ANS soak (50 mM HEPES, 50 mM ...詳細: 5 mg/mL CDK2 protein, 50 mM sodium/potassium phosphate, pH 7.5, 50 mM HEPES, pH 7.5, 5% v/v PEG3350, 1 mM staurosporine overnight soak followed by 20 mM ANS soak (50 mM HEPES, 50 mM phosphate, 15% v/v PEG3350, 25% v/v glycerol), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月15日 |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.49→20 Å / Num. all: 9886 / Num. obs: 9886 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 47.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.49→2.54 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Rsym value: 0.304 / % possible all: 90 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3PXF 解像度: 2.49→19.768 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.07 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.844 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
| ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.49→19.768 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|