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万見
- PDB-4eac: Crystal structure of mannonate dehydratase from Escherichia coli ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eac
タイトルCrystal structure of mannonate dehydratase from Escherichia coli strain K12
要素Mannonate dehydratase
キーワードLYASE (リアーゼ) / TIM Barrel (TIMバレル) / Dehydratase (脱水酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


D-glucuronate catabolic process / mannonate dehydratase / mannonate dehydratase activity / ferrous iron binding / manganese ion binding / DNA damage response
類似検索 - 分子機能
Mannonate dehydratase / D-mannonate dehydratase (UxuA) / Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mannonate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Qiu, X. / Zhu, Y. / Yuan, Y. / Zhang, Y. / Liu, H. / Gao, Y. / Teng, M. / Niu, L.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structural insights into decreased enzymatic activity induced by an insert sequence in mannonate dehydratase from Gram negative bacterium.
著者: Qiu, X. / Tao, Y. / Zhu, Y. / Yuan, Y. / Zhang, Y. / Liu, H. / Gao, Y. / Teng, M. / Niu, L.
履歴
登録2012年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannonate dehydratase
B: Mannonate dehydratase
C: Mannonate dehydratase
D: Mannonate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,63912
ポリマ－188,2774
非ポリマー3628
水16,015889
1
A: Mannonate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1603
ポリマ－47,0691
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mannonate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1603
ポリマ－47,0691
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mannonate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1603
ポリマ－47,0691
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Mannonate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1603
ポリマ－47,0691
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.961, 238.461, 54.345
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 4 / Auth seq-ID: -1 - 393 / Label seq-ID: 19 - 413

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

-
要素

#1: タンパク質
Mannonate dehydratase / / D-mannonate hydrolase


分子量: 47069.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: uxuA, b4322, JW4285 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24215, mannonate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 889 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl,0.1M magnesium chloride hexahydrate , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: MX-225 CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月23日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→132.27 Å / Num. all: 92475 / Num. obs: 92475 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 3.7 / Observed criterion σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FVM

3fvm


解像度: 2.3→48.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 11.188 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.7 / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21863 4630 5 %RANDOM
Rwork0.18291 ---
all0.1847 92475 --
obs0.1847 92475 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.102 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å20 Å20 Å2
2---1.36 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12594 0 8 889 13491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02212882
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1441.94717467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.12751577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.65423.841643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.446152191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.49615104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21897
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219928
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4021.57877
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.777212713
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.21735005
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.064.54754
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3136 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.330.5
Bmedium positional0.250.5
Cmedium positional0.330.5
Dmedium positional0.280.5
Amedium thermal0.512
Bmedium thermal0.412
Cmedium thermal0.472
Dmedium thermal0.392
LS精密化 シェル解像度: 2.303→2.363 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 352 -
Rwork0.198 6306 -
obs--97.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49890.0377-0.01770.8337-0.23791.3525-0.00160.0106-0.0643-0.002-0.1085-0.1366-0.14170.23510.11010.034-0.0287-0.00560.08660.04250.0440.71211.030424.7356
20.502-0.1520.01451.6472-0.49431.054-0.0291-0.0452-0.012-0.07380.11310.152-0.1062-0.2251-0.0840.06160.0230.0080.08610.01950.018147.417543.47475.9021
30.9704-0.3236-0.4660.84210.18621.02830.1885-0.07350.3159-0.1662-0.0034-0.2402-0.3210.073-0.18510.1698-0.02660.08750.0294-0.01280.1515-8.107522.86787.4185
40.74680.5141-0.22131.1669-0.21140.7969-0.12860.0485-0.3392-0.16240.0805-0.62240.19490.24570.04810.1490.03070.0960.1578-0.06090.39617.757868.358231.6427
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 393
2X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 393
3X-RAY DIFFRACTION3C-1 - 394
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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