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- PDB-4dwb: Crystal structure of Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dwb
タイトルCrystal structure of Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase in complex with [2-(n-pentylamino)ethane-1,1-diyl]bisphosphonic acid and Mg2+
要素Farnesyl pyrophosphate synthaseジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / geranyl transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0M7 / 酢酸塩 / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Aripirala, S. / Amzel, L.M. / Gabelli, S.B.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Design, synthesis, calorimetry, and crystallographic analysis of 2-alkylaminoethyl-1,1-bisphosphonates as inhibitors of Trypanosoma cruzi farnesyl diphosphate synthase.
著者: Aripirala, S. / Szajnman, S.H. / Jakoncic, J. / Rodriguez, J.B. / Docampo, R. / Gabelli, S.B. / Amzel, L.M.
履歴
登録2012年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月17日Group: Non-polymer description
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,09410
ポリマ－41,2251
非ポリマー8689
水1,60389
1
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,18720
ポリマ－82,4512
非ポリマー1,73718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+5/61
Buried area8950 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area27740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.871, 57.871, 392.442
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-625-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Farnesyl pyrophosphate synthase / ジメチルアリルtransトランスフェラーゼ / FPPS / farnesyl diphosphate synthase


分子量: 41225.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)
遺伝子: FPPS / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q95WL3, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase

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非ポリマー , 7種, 98分子

#2: 化合物 ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸 / イソペンテニル二リン酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-0M7 / [2-(pentylamino)ethane-1,1-diyl]bis(phosphonic acid)


分子量: 275.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19NO6P2
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 12.5 mg/mL protein in 250 uM inhibitor, 250 uM IPP, 1 mM magnesium chloride, mother liquor: 100 mM sodium acetate, pH 4.6-5.2, 200 mM ammonium sulfate, 2-10% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING ...詳細: 12.5 mg/mL protein in 250 uM inhibitor, 250 uM IPP, 1 mM magnesium chloride, mother liquor: 100 mM sodium acetate, pH 4.6-5.2, 200 mM ammonium sulfate, 2-10% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月2日
放射モノクロメーター: Si(111) channel cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→65.407 Å / Num. obs: 22705 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Χ2: 1.793 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.146.70.50911581.411198.2
2.14-2.177.40.42911361.422198.4
2.17-2.227.90.38611651.477198.5
2.22-2.2680.35511381.489198.4
2.26-2.318.10.31811801.55198.3
2.31-2.368.20.28911341.597198.2
2.36-2.428.20.24311921.616198.5
2.42-2.498.30.22211441.693198.1
2.49-2.568.30.20311641.753197.9
2.56-2.648.20.17211981.804197.7
2.64-2.748.30.15411481.816197
2.74-2.858.20.1411671.858197.6
2.85-2.988.10.11211601.94196.7
2.98-3.138.10.111831.991196.8
3.13-3.3380.08711682.022195.5
3.33-3.597.60.07811522.157192.2
3.59-3.946.80.06910952.14188.8
3.94-4.515.50.0639452.246174.3
4.51-5.665.60.0589792.135175
5.66-206.30.05710992.233175.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4DWG

4dwg


解像度: 2.1→19.891 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / WRfactor Rfree: 0.2725 / WRfactor Rwork: 0.2118 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8425 / SU B: 5.534 / SU ML: 0.15 / SU R Cruickshank DPI: 0.2733 / SU Rfree: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2789 1156 5.1 %RANDOM
Rwork0.2178 ---
obs0.221 22545 92.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.85 Å2 / Biso mean: 31.5472 Å2 / Biso min: 8.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.89 Å20.94 Å20 Å2
2--1.89 Å20 Å2
3----2.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.891 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2882 0 48 89 3019
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0223007
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7781.9654082
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0035366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.75924.348138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.71215513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2691515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212260
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it11.51817
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67822935
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it331190
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3194.51146
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.152 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 81 -
Rwork0.24 1583 -
all-1664 -
obs--96.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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