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- PDB-4dbn: Crystal Structure of the Kinase domain of Human B-raf with a [1,3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dbn
タイトルCrystal Structure of the Kinase domain of Human B-raf with a [1,3]thiazolo[5,4-b]pyridine derivative
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase drug complex / Ser/Thr Kinase / ATP Binding (アデノシン三リン酸) / Phosphorylation (リン酸化) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / head morphogenesis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling ...trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / head morphogenesis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / positive regulation of axonogenesis / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / positive regulation of axon regeneration / face development / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / thyroid gland development / MAP kinase kinase activity / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / response to cAMP / positive regulation of stress fiber assembly / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to calcium ion / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to nerve growth factor stimulus / thymus development / long-term synaptic potentiation / animal organ morphogenesis / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / visual learning / MAP2K and MAPK activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to peptide hormone / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular response to xenobiotic stimulus / presynapse / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / T cell differentiation in thymus / cell body / regulation of cell population proliferation / T cell receptor signaling pathway / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0JA / Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Yano, J.K. / Aertgeerts, K.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Design and synthesis of novel DFG-out RAF/vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2) inhibitors. 1. Exploration of [5,6]-fused bicyclic scaffolds.
著者: Okaniwa, M. / Hirose, M. / Imada, T. / Ohashi, T. / Hayashi, Y. / Miyazaki, T. / Arita, T. / Yabuki, M. / Kakoi, K. / Kato, J. / Takagi, T. / Kawamoto, T. / Yao, S. / Sumita, A. / Tsutsumi, S. ...著者: Okaniwa, M. / Hirose, M. / Imada, T. / Ohashi, T. / Hayashi, Y. / Miyazaki, T. / Arita, T. / Yabuki, M. / Kakoi, K. / Kato, J. / Takagi, T. / Kawamoto, T. / Yao, S. / Sumita, A. / Tsutsumi, S. / Tottori, T. / Oki, H. / Sang, B.C. / Yano, J. / Aertgeerts, K. / Yoshida, S. / Ishikawa, T.
履歴
登録2012年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月13日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7414
ポリマ－64,6452
非ポリマー1,0962
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8702
ポリマ－32,3221
非ポリマー5481
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8702
ポリマ－32,3221
非ポリマー5481
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.040, 111.040, 146.844
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 32322.379 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase Domain (UNP residues 445-726) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, P94, RAFB1 / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-0JA / 2-chloro-3-(1-cyanocyclopropyl)-N-[5-({2-[(cyclopropylcarbonyl)amino][1,3]thiazolo[5,4-b]pyridin-5-yl}oxy)-2-fluorophenyl]benzamide


分子量: 547.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H19ClFN5O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 9.6% PEG 8000, 0.8M LiCl, 100 mM Tris, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 92 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月11日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si (111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→30 Å / Num. all: 16557 / Num. obs: 16557 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 3.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / WRfactor Rfree: 0.2095 / WRfactor Rwork: 0.1662 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8332 / SU B: 39.69 / SU ML: 0.307 / SU R Cruickshank DPI: 0.3517 / SU Rfree: 0.4088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.409 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2434 825 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.1984 16557 99.55 %-
all-16424 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.76 Å2 / Biso mean: 46.1384 Å2 / Biso min: 15.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4153 0 76 41 4270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224328
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022937
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1321.9815855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78337162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9155516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.78623.797187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.53615778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9871527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.2639
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2331.52582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.031.51052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.45424174
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.61531746
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0974.51669
LS精密化 シェル解像度: 3.148→3.229 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 49 -
Rwork0.285 1117 -
all-1166 -
obs--98.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1466-0.24050.5874.30380.8047.8830.0473-0.6054-0.04510.64090.0544-0.87510.3730.9198-0.10170.240.0489-0.0090.22920.02340.300348.64-31.139613.8098
21.113-1.5605-1.61985.45291.51873.10620.15150.19990.0106-0.3553-0.0425-0.016-0.2285-0.07-0.1090.187-0.00340.0590.1855-0.03430.116243.5362-43.6015-9.0645
31.88790.0101-0.55994.4742-0.51088.65810.04060.33610.5317-0.6904-0.1072-0.1516-0.6861-0.13930.06660.30380.08490.06120.11540.06710.261536.1387-12.8069-2.5515
45.3059-2.1218-2.10563.06492.06152.56670.03780.1987-0.10660.0794-0.0060.1859-0.0022-0.1282-0.03190.0792-0.02540.03090.06940.02730.082620.7864-15.604118.5082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A447 - 532
2X-RAY DIFFRACTION2A533 - 720
3X-RAY DIFFRACTION2A901
4X-RAY DIFFRACTION3B447 - 532
5X-RAY DIFFRACTION4B533 - 719
6X-RAY DIFFRACTION4B901

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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