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万見
- PDB-4d2b: Structure of a ligand free POT family peptide transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4d2b
タイトルStructure of a ligand free POT family peptide transporter
要素DI-OR TRIPEPTIDE\:H+ SYMPORTER
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / MAJOR FACILITATOR SUPERFAMILY / PROTON OLIGOPEPTIDE TRANSPORTER (POT) FAMILY / PEPTIDE TRANSPORTER
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Growth Hormone; Chain: A; ...Dipeptide/tripeptide permease / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 1. / MFS general substrate transporter like domains / PTR2 family proton/oligopeptide symporters signature 2. / PTR2 family proton/oligopeptide symporter, conserved site / Proton-dependent oligopeptide transporter family / POT family / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / Growth Hormone; Chain: A; / MFS transporter superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / リン酸塩 / Di-or tripeptide:H+ symporter
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS THERMOPHILUS (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Lyons, J.A. / Parker, J.L. / Solcan, N. / Brinth, A. / Li, D. / Shah, S.T.A. / Caffrey, M. / Newstead, S.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for Polyspecificity in the Pot Family of Proton-Coupled Oligopeptide Transporters.
著者: Lyons, J.A. / Parker, J.L. / Solcan, N. / Brinth, A. / Li, D. / Shah, S.T. / Caffrey, M. / Newstead, S.
履歴
登録2014年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22019年9月25日Group: Data collection / Experimental preparation / Other / カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DI-OR TRIPEPTIDE\:H+ SYMPORTER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,64611
ポリマ－53,7211
非ポリマー2,92510
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.190, 110.190, 110.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 DI-OR TRIPEPTIDE\:H+ SYMPORTER / DI- OR TRIPEPTIDE PROTON SYMPORTER


分子量: 53721.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS THERMOPHILUS (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
株: LMG 18311 / プラスミド: PWALDO-GFPD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q5M4H8
#2: 化合物
ChemComp-78N / (2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL (2R)


分子量: 314.460 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4
#3: 化合物
ChemComp-78M / (2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL(7Z)-PENTADEC-7-ENOATE / 7.8 MONOACYLGLYCEROL


分子量: 314.460 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O4
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.66 % / 解説: NONE
結晶化手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7
詳細: 16-23 %(V/V) PEG 400, 0.1 M HEPES PH 7.0 AND 0.15-0.55 M NH4H2PO4. CRYSTALS WERE GROWN BY THE LCP METHOD USING 7.8 MAG AS HOSTING LIPID.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→39.1 Å / Num. obs: 26241 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 46.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4APS

4aps


解像度: 2.35→39.099 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.89 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: RESIDUES 1-5, 346-348, 413-422, 473-491 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2415 1331 5.1 %
Rwork0.2128 --
obs0.2145 26220 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.268 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→39.099 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3431 0 203 54 3688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033736
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8275040
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0681342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004600
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3501-2.4340.34231130.27632436X-RAY DIFFRACTION97
2.434-2.53150.26871280.23812425X-RAY DIFFRACTION99
2.5315-2.64670.25841160.21632451X-RAY DIFFRACTION99
2.6467-2.78620.22781260.21852484X-RAY DIFFRACTION99
2.7862-2.96070.26641230.2072453X-RAY DIFFRACTION99
2.9607-3.18920.26551450.21972485X-RAY DIFFRACTION100
3.1892-3.50990.241390.20412489X-RAY DIFFRACTION100
3.5099-4.01740.2271460.20042510X-RAY DIFFRACTION100
4.0174-5.05980.21381530.19942532X-RAY DIFFRACTION100
5.0598-39.10410.25421420.22252624X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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