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- PDB-4cww: Structure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cww
タイトルStructure of bovine endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 4-METHYL-6-(((3R,4R)-4-((5-(4-METHYLPYRIDIN-2-YL)PENTYL) OXY)PYRROLIDIN-3-YL)METHYL)PYRIDIN-2-AMINE
要素NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL一酸化窒素合成酵素
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NITRIC OXIDE SYNTHASE (一酸化窒素合成酵素) / INHIBITOR COMPLEX (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to laminar fluid shear stress / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric-oxide synthase activity / mitochondrion organization / arginine catabolic process / nitric oxide biosynthetic process / caveola ...cellular response to laminar fluid shear stress / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric-oxide synthase activity / mitochondrion organization / arginine catabolic process / nitric oxide biosynthetic process / caveola / FMN binding / 凝固・線溶系 / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / calmodulin binding / 細胞骨格 / heme binding / ゴルジ体 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, N-terminal ...Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Oxidoreductase NAD-binding domain / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / テトラヒドロビオプテリン / Chem-HW9 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Nitric oxide synthase, endothelial
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Li, H. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2014
タイトル: Mobility of a Conserved Tyrosine Residue Controls Isoform-Dependent Enzyme-Inhibitor Interactions in Nitric Oxide Synthases.
著者: Li, H. / Jamal, J. / Delker, S.L. / Plaza, C. / Ji, H. / Jing, Q. / Huang, H. / Kang, S. / Silverman, R.B. / Poulos, T.L.
履歴
登録2014年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL
B: NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,20813
ポリマ-99,4542
非ポリマー2,75411
5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10680 Å2
ΔGint-123.6 kcal/mol
Surface area32740 Å2
手法PISA
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)57.986, 106.787, 156.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NITRIC OXIDE SYNTHASE, ENDOTHELIAL / 一酸化窒素合成酵素 / CONSTITUTIVE NOS / CNOS / EC-NOS / ENDOTHELIAL NOS / ENOS / NOS TYPE III / NOSIII / ENDOTHELIAL ...CONSTITUTIVE NOS / CNOS / EC-NOS / ENDOTHELIAL NOS / ENOS / NOS TYPE III / NOSIII / ENDOTHELIAL NITRIC OXIDE SYNTHASE


分子量: 49727.012 Da / 分子数: 2 / 断片: HEME DOMAIN, RESIDUES 40-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH)

-
非ポリマー , 6種, 339分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン / テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物 ChemComp-HW9 / 4-methyl-6-{[(3R,4R)-4-{[5-(4-methylpyridin-2-yl)pentyl]oxy}pyrrolidin-3-yl]methyl}pyridin-2-amine


分子量: 368.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C22H32N4O
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#7: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

配列の詳細RESIDUE 100 IS FOUND AS AN ARG IN STRUCTURE BUT IS A CYS IN DATABASE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 20-22% PEG3350 0.1M CACODYLATE, PH 6.0 150-200 MM MG ACETATE 5 MM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.097
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.097 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 52912 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 34.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 2.16→2.2 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: その他
開始モデル: NONE

解像度: 2.16→42.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 10.227 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 110 TO 120 IN CHAIN A AND 112-120 IN CHAIN B ARE DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21197 2653 5 %RANDOM
Rwork0.17145 ---
obs0.17353 50039 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.606 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→42.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6452 0 191 328 6971
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0226867
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4791.9999379
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1365814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.05723.251323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.733151056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1761557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7261.54064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36426563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22332803
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4134.52812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.216 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 195 -
Rwork0.255 3637 -
obs--99.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6932-0.108-0.29351.00810.07861.46280.00410.0331-0.0019-0.14420.037-0.122-0.01320.0909-0.04110.0586-0.03050.00660.034-0.00920.062811.0810.26432.178
20.727-0.08950.25370.9586-0.64232.10470.0466-0.139-0.07490.06750.0350.00770.0574-0.1258-0.08160.0161-0.01950.00330.0683-0.0070.07262.7415.71267.85
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A67 - 482
2X-RAY DIFFRACTION2B69 - 482

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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