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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bq2 | ||||||
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タイトル | Structural analysis of an exo-beta-agarase | ||||||
要素 | B-AGARASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 beta-agarase / beta-agarase activity / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase activity / carbohydrate metabolic process / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROPHAGUS DEGRADANS (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Pluvinage, B. / Hehemann, J.H. / Boraston, A.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: Substrate Recognition and Hydrolysis by a Family 50 Exo-Beta-Agarase Aga50D from the Marine Bacterium Saccharophagus Degradans 著者: Pluvinage, B. / Hehemann, J.H. / Boraston, A.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bq2.cif.gz | 644 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bq2.ent.gz | 529.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bq2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/4bq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/4bq2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84298.211 Da / 分子数: 4 / 断片: CATALYTIC MODULE, RESIDUES 47-793 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SACCHAROPHAGUS DEGRADANS (バクテリア) 株: 2-40 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q21HC5, beta-agarase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 19% (W/V) PEG 3350, 0.22 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→39.28 Å / Num. obs: 245117 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 97.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→39.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.074 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.279 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.28 Å
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拘束条件 |
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