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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ay9 | ||||||
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タイトル | Structure of follicle-stimulating hormone in complex with the entire ectodomain of its receptor | ||||||
要素 |
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キーワード | HORMONE/RECEPTOR / HORMONE-RECEPTOR COMPLEX / LEUCINE-RICH REPEATS (ロイシンリッチリピート) / LRR / GPCR (Gタンパク質共役受容体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 follicle-stimulating hormone receptor activity / progesterone biosynthetic process / follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of steroid biosynthetic process / Thyroxine biosynthesis / Mineralocorticoid biosynthesis ...follicle-stimulating hormone receptor activity / progesterone biosynthetic process / follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of steroid biosynthetic process / Thyroxine biosynthesis / Mineralocorticoid biosynthesis / Hormone ligand-binding receptors / 性腺刺激ホルモン / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / Androgen biosynthesis / follicle-stimulating hormone signaling pathway / female gamete generation / Sertoli cell proliferation / gonad development / negative regulation of organ growth / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / regulation of osteoclast differentiation / regulation of protein kinase A signaling / thyroid hormone generation / G protein-coupled peptide receptor activity / regulation of signaling receptor activity / organ growth / female gonad development / thyroid gland development / positive regulation of bone resorption / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / hormone-mediated signaling pathway / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / female pregnancy / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / Golgi lumen / male gonad development / G alpha (s) signalling events / 精子形成 / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Jiang, X. / Liu, H. / Chen, X. / He, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Structure of Follicle-Stimulating Hormone in Complex with the Entire Ectodomain of its Receptor. 著者: Jiang, X. / Liu, H. / Chen, X. / Chen, P. / Fischer, D. / Sriraman, V. / Yu, H.N. / Arkinstall, S. / He, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ay9.cif.gz | 314.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ay9.ent.gz | 256.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ay9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/4ay9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/4ay9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1xwdS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10183.753 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 25-116 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: BACMAN SYSTEM / プラスミド: PVLAD6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q96QJ4, UniProt: P01215*PLUS #2: タンパク質 | 分子量: 12500.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: BACMAN SYSTEM / プラスミド: PVLAD6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P01225 #3: タンパク質 | 分子量: 40065.406 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 17-366 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: BACMAN SYSTEM / プラスミド: PVLAD6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P23945 #4: 糖 | ChemComp-NAG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.33 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES PH 7.5, 10% (V/V) ISOPROPANOL AND 20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH MX-300 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 70869 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 95.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1XWD 解像度: 2.5→47.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 31.462 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.53 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.853 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.9 Å
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拘束条件 |
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