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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4a8v | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Birch Pollen Allergen Bet v 1 isoform j in complex with 8-Anilinonaphthalene-1-sulfonate (ANS) | ||||||
要素 | MAJOR POLLEN ALLERGEN BET V 1-J | ||||||
キーワード | ALLERGEN (アレルゲン) / PR-10 PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to biotic stimulus / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BETULA PENDULA (シダレカンバ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å | ||||||
データ登録者 | Kofler, S. / Brandstetter, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2012 タイトル: Crystallographically Mapped Ligand Binding Differs in High and Low Ige Binding Isoforms of Birch Pollen Allergen Bet V 1. 著者: Kofler, S. / Asam, C. / Eckhard, U. / Wallner, M. / Ferreira, F. / Brandstetter, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4a8v.cif.gz | 91.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4a8v.ent.gz | 69.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4a8v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/4a8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/4a8v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 17430.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BETULA PENDULA (シダレカンバ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P43183 |
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-非ポリマー , 5種, 193分子
#2: 化合物 | ChemComp-2AN / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-TRS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.31 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月11日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.23→28.24 Å / Num. obs: 39178 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.23→1.3 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 88.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4A80 解像度: 1.23→38.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.342 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.06 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.23→38.01 Å
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拘束条件 |
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