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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vkj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase, octameric form | ||||||
要素 | Isopentenyl-diphosphate delta-isomeraseIsopentenyl-diphosphate delta isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / type 2 isopentenyl diphosphate isomerase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase / isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity / isoprenoid biosynthetic process / NADPH binding / FMN binding / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfolobus shibatae (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Nakatani, H. / Goda, S. / Unno, H. / Nagai, T. / Yoshimura, T. / Hemmi, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2012 タイトル: Substrate-Induced Change in the Quaternary Structure of Type 2 Isopentenyl Diphosphate Isomerase from Sulfolobus shibatae. 著者: Nakatani, H. / Goda, S. / Unno, H. / Nagai, T. / Yoshimura, T. / Hemmi, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3vkj.cif.gz | 300.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3vkj.ent.gz | 244.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3vkj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/3vkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vk/3vkj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40475.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus shibatae (古細菌) / 遺伝子: fni, idi / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P61615, isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase #2: 化合物 | ChemComp-FNR / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.2M sodium citrate, 30% PEG 400, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 180131 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 8.5 % |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / % possible all: 77.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→35.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 1.689 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.746 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
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