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- PDB-3v8p: Crystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v8p
タイトルCrystal structure of NAD kinase 1 from Listeria monocytogenes in complex with a new di-adenosine inhibitor formed in situ
要素Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ligand-screening by crystallography / Two-domain kinase / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+キナーゼ / NADP biosynthetic process / NAD+ kinase activity / NAD metabolic process / NAD binding / リン酸化 / ATP binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD+キナーゼ / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / サンドイッチ ...Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 2 / ATP-NAD kinase C-terminal domain / NAD+キナーゼ / ATP-NAD kinase, PpnK-type, C-terminal / ATP-NAD kinase N-terminal domain / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Tumour Suppressor Smad4 / サンドイッチ / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / Chem-ZNB / NAD kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (リステリア・モノサイトゲネス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 同系置換 / 解像度: 2.2901 Å
データ登録者Gelin, M. / Poncet-Montange, G. / Assairi, L. / Morellato, L. / Huteau, V. / Dugu, L. / Dussurget, O. / Pochet, S. / Labesse, G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Screening and In Situ Synthesis Using Crystals of a NAD Kinase Lead to a Potent Antistaphylococcal Compound.
著者: Gelin, M. / Poncet-Montange, G. / Assairi, L. / Morellato, L. / Huteau, V. / Dugue, L. / Dussurget, O. / Pochet, S. / Labesse, G.
履歴
登録2011年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月6日Group: Database references
改定 1.22012年6月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42020年6月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年5月15日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9473
ポリマ－31,0451
非ポリマー9022
水2,036113
1
A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子

A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子

A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子

A: Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,78812
ポリマ－124,1814
非ポリマー3,6068
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.950, 75.640, 118.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-461-

HOH

21A-491-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase 1 / Poly(P)/ATP NAD kinase 1


分子量: 31045.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (リステリア・モノサイトゲネス)
遺伝子: ppnK1, lmo0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8Y8D7, NAD+キナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-ZNB / 2-[6-azanyl-9-[(2R,3R,4S,5R)-5-[[(azanylidene-$l^{4}-azanylidene)amino]methyl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]purin-8-yl]sulfanyl-N-[[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-azanyl-8-bromanyl-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]ethanamide


分子量: 709.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25BrN14O7S
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.98 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 30 mM sodium bromide, 220 mM potassium citrate, pH 4.8-5.1, glycerol 6%, 15-16% w/v polyethylene glycol 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.039 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月7日
放射モノクロメーター: Asymmetric Laue 001 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.039 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→63.76 Å / Num. obs: 12686 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 %
反射 シェル解像度: 2.29→2.41 Å / 冗長度: 5.4 % / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 同系置換 / 解像度: 2.2901→33.511 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2458 372 2.93 %
Rwork0.1974 --
obs0.1989 12686 96.59 %
all-13133 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.98 Å2 / ksol: 0.326 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4356 Å20 Å20 Å2
2--0.0651 Å2-0 Å2
3---1.3705 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2901→33.511 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2066 0 58 113 2237
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9342994
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.089811
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2901-2.62130.31851150.22763869X-RAY DIFFRACTION93
2.6213-3.30220.26941350.2034189X-RAY DIFFRACTION100
3.3022-33.51480.21041220.18464256X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9016-0.461-0.5620.32610.28830.3999-0.1624-0.34150.0780.15290.14140.01140.04860.10120.00660.09140.10250.05120.1963-0.14120.038113.495224.455322.7431
20.53130.007-0.08310.15030.28471.00120.06870.01320.13430.0126-0.06310.06130.0168-0.0907-0.00740.06450.03420.00010.0379-0.00620.069619.3213.7553-1.591
30.318-0.2738-0.22890.24940.24870.3243-0.00330.02430.02760.0005-0.0280.0005-0.0277-0.110.02450.01410.0291-0.00470.0796-0.00680.033416.273217.59944.5434
40.65620.456-0.35817.45544.45224.2151-0.0225-0.20310.2192-0.0350.04530.0145-0.01920.0766-0.02240.1012-0.0356-0.00190.4336-0.20560.292529.95924.988515.0886
50.439-0.0888-0.54290.22690.06920.67880.0339-0.15180.01270.0357-0.10340.1149-0.02320.09380.06260.1428-0.10380.02710.315-0.08390.154417.42438.766610.7527
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:100)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 101:264)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 401:513)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 301:301)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 302:302)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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