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- PDB-3ugt: Crystal structure of the yeast mitochondrial threonyl-tRNA synthe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ugt
タイトルCrystal structure of the yeast mitochondrial threonyl-tRNA synthetase - orthorhombic crystal form
要素Threonyl-tRNA synthetase, mitochondrial
キーワードLIGASE (リガーゼ) / threonyl-tRNA synthetase / aminoacyl-tRNA synthetase class II / yeast mitochondrial threonine tRNA 1 and 2
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial threonyl-tRNA aminoacylation / トレオニンtRNAリガーゼ / threonine-tRNA ligase activity / ミトコンドリアマトリックス / ミトコンドリア / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / : / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 ...Threonine-tRNA ligase, class IIa / Threonine-tRNA ligase catalytic core domain / : / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Threonine--tRNA ligase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Peterson, K.M. / Ling, J. / Simonovic, I. / Cho, C. / Soll, D. / Simonovic, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Yeast mitochondrial threonyl-tRNA synthetase recognizes tRNA isoacceptors by distinct mechanisms and promotes CUN codon reassignment.
著者: Ling, J. / Peterson, K.M. / Simonovic, I. / Cho, C. / Soll, D. / Simonovic, M.
履歴
登録2011年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Database references
改定 1.22012年6月6日Group: Database references
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonyl-tRNA synthetase, mitochondrial
B: Threonyl-tRNA synthetase, mitochondrial
C: Threonyl-tRNA synthetase, mitochondrial
D: Threonyl-tRNA synthetase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,1578
ポリマ－213,8964
非ポリマー2624
水82946
1
A: Threonyl-tRNA synthetase, mitochondrial
B: Threonyl-tRNA synthetase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,0794
ポリマ－106,9482
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area34780 Å2
手法PISA
2
C: Threonyl-tRNA synthetase, mitochondrial
D: Threonyl-tRNA synthetase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,0794
ポリマ－106,9482
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area34950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.083, 157.939, 237.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Threonyl-tRNA synthetase, mitochondrial / Threonine--tRNA ligase / ThrRS


分子量: 53473.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / 遺伝子: MST1, YKL194C / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: P07236, トレオニンtRNAリガーゼ
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.51 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M magnesium formate, 20% PEG 3.350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 33252 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.162 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3.6→3.66 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique all: 1411 / Rsym value: 0.802 / % possible all: 83.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→35.113 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 28.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2749 1634 4.96 %thin shells
Rwork0.2372 ---
obs0.2391 32952 97.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.828 Å2 / ksol: 0.281 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.1352 Å20 Å2-0 Å2
2--10.7125 Å20 Å2
3----22.8477 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→35.113 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13388 0 4 46 13438
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00514233
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.72918720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9845013
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562010
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032445
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.70580.37061110.3262253X-RAY DIFFRACTION85
3.7058-3.82530.35871270.30262428X-RAY DIFFRACTION92
3.8253-3.96180.34811250.29922575X-RAY DIFFRACTION96
3.9618-4.12020.28441260.26672602X-RAY DIFFRACTION99
4.1202-4.30740.30081360.25072647X-RAY DIFFRACTION99
4.3074-4.53410.29591360.23212643X-RAY DIFFRACTION99
4.5341-4.81750.24351480.21292667X-RAY DIFFRACTION100
4.8175-5.18840.26411410.21482633X-RAY DIFFRACTION100
5.1884-5.70850.26521430.23412676X-RAY DIFFRACTION100
5.7085-6.52990.34821370.26042701X-RAY DIFFRACTION100
6.5299-8.20960.26591420.23362713X-RAY DIFFRACTION100
8.2096-35.11490.20091620.18952780X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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