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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3uc2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a DUF4426 family protein (PA0388) from Pseudomonas aeruginosa PAO1 at 2.09 A resolution | ||||||
要素 | hypothetical protein with immunoglobulin-like fold仮説 | ||||||
キーワード | Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Unknown Function / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | Domain of unknown function DUF4426 / Domain of unknown function DUF4426 / Domain of unknown function (DUF4426) / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / DUF4426 domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.09 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein with immunoglobulin-like fold (PA0388) from Pseudomonas aeruginosa PAO1 at 2.09 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3uc2.cif.gz | 205.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3uc2.ent.gz | 169.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3uc2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/3uc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uc/3uc2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | ANALYTICAL SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIC FORM IN SOLUTION. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15634.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA0388 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q9I6A7 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CONSTRUCT (RESIDUES 20-139) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.17M (NH4)2SO4, 15.0% Glycerol, 25.5% PEG-4000, No Buffer pH 4.2, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97916,0.97886 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月21日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (ho rizontal focusing) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.09→49.083 Å / Num. obs: 36206 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 41.122 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 16.61 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.09→49.083 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9429 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9298 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. SULFATE (SO4) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION AND GLYCEROL (GOL) FROM THE CRYOPROTECTANT HAVE BEEN MODELED IN THE SOLVENT STRUCTURE. 4. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED DURING REFINEMENT USING LSSR (-AUTONCS) IN BUSTER. 5. THE REFINEMENT WAS RESTRAINED WITH THE MAD PHASES.
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原子変位パラメータ | Biso max: 184.61 Å2 / Biso mean: 63.678 Å2 / Biso min: 23.12 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.348 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.09→49.083 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.09→2.15 Å / Total num. of bins used: 18
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Selection details: { D|20 - 139 } |