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- PDB-3s4b: Cellobiose phosphorylase from Cellulomonas uda in complex with glucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s4b
タイトルCellobiose phosphorylase from Cellulomonas uda in complex with glucose
要素Cellobiose phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / GH94 / alpha barrel / cellobiose phosphorylase / disaccharide phosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellobiose phosphorylase / cellobiose phosphorylase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
mpn423 like domain / Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal domain / Maltose phosphorylase, domain 3 / Maltose phosphorylase, domain 3 / Cellobiose phosphorylase, N-terminal / Putative carbohydrate binding domain / Putative carbohydrate binding domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / : / Glycosyl hydrolase 94 ...mpn423 like domain / Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal domain / Maltose phosphorylase, domain 3 / Maltose phosphorylase, domain 3 / Cellobiose phosphorylase, N-terminal / Putative carbohydrate binding domain / Putative carbohydrate binding domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / : / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 65, N-terminal domain superfamily / Glycosyltransferase - #10 / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranose / Cellobiose phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Cellulomonas uda (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Van Hoorebeke, A. / Stout, J. / Soetaert, W. / Van Beeumen, J. / Desmet, T. / Savvides, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Cellobiose phosphorylase: reconstructing the structural itinerary along the catalytic pathway
著者: Van Hoorebeke, A. / Stout, J. / Soetaert, W. / Van Beeumen, J. / Desmet, T. / Savvides, S.
履歴
登録2011年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellobiose phosphorylase
B: Cellobiose phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,7836
ポリマ－183,0622
非ポリマー7214
水11,313628
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8230 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area48040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.417, 102.740, 98.305
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.440, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETALAALAchain B and (resseq 1:207 or resseq 209:328 or resseq...BB1 - 2071 - 207
12GLYGLYASPASPchain B and (resseq 1:207 or resseq 209:328 or resseq...BB209 - 328209 - 328
13LYSLYSMETMETchain B and (resseq 1:207 or resseq 209:328 or resseq...BB330 - 555330 - 555
14ASPASPLEULEUchain B and (resseq 1:207 or resseq 209:328 or resseq...BB557 - 822557 - 822
21METMETALAALAchain A and (resseq 1:207 or resseq 209:328 or resseq...AA1 - 2071 - 207
22GLYGLYASPASPchain A and (resseq 1:207 or resseq 209:328 or resseq...AA209 - 328209 - 328
23LYSLYSMETMETchain A and (resseq 1:207 or resseq 209:328 or resseq...AA330 - 555330 - 555
24ASPASPLEULEUchain A and (resseq 1:207 or resseq 209:328 or resseq...AA557 - 822557 - 822

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要素

#1: タンパク質 Cellobiose phosphorylase


分子量: 91530.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cellulomonas uda (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7WTR6, cellobiose phosphorylase
#2: 糖
ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 628 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 3.4M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH4.6, 20mM alpha-D-glucose 1-phosphate soaked with 5M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH4.6, 50mM alpha-D-glucose 1- ...詳細: 3.4M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH4.6, 20mM alpha-D-glucose 1-phosphate soaked with 5M sodium formate, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH4.6, 50mM alpha-D-glucose 1-phosphate, 50mM glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月10日
放射モノクロメーター: Fixed-exit LN2 cooled Double Crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.95 Å / Num. all: 66271 / Num. obs: 54077 / % possible obs: 81.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 15.33 Å2
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / % possible all: 81.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.95 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.32 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2815 2571 5.04 %random
Rwork0.2311 ---
all0.2337 50972 --
obs0.2337 50972 77.31 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.616 Å2 / ksol: 0.457 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 161.67 Å2 / Biso mean: 21.6501 Å2 / Biso min: 0.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.7892 Å20 Å20.1208 Å2
2--4.0261 Å2-0 Å2
3---0.7631 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12875 0 48 628 13551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00613278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07118108
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611929
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0454698
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B6395X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.154
12A6395X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.154
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.48570.38312350.31364161439667
2.4857-2.5850.34372450.28664756500176
2.585-2.70240.32532660.27284739500577
2.7024-2.84450.30192530.25514931518478
2.8445-3.02210.29182460.24714989523580
3.0221-3.25450.28942690.23454978524780
3.2545-3.58040.24872750.20444970524580
3.5804-4.09460.25192650.19135034529980
4.0946-5.1440.22892450.18125003524879
5.144-19.950.282720.24784840511276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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