[日本語] English
万見
- PDB-3s1b: The Development of Peptide-based Tools for the Analysis of Angiog... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s1b
タイトルThe Development of Peptide-based Tools for the Analysis of Angiogenesis
要素
  • Vascular endothelial growth factor A
  • mini-Z
キーワードSIGNALING PROTEIN / VEGF (血管内皮細胞増殖因子) / cystine knot (シスチンノット) / mini-Z
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis ...basophil chemotaxis / cellular stress response to acid chemical / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / lymph vessel morphogenesis / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / positive regulation of mast cell chemotaxis / positive regulation of peptidyl-tyrosine autophosphorylation / negative regulation of adherens junction organization / post-embryonic camera-type eye development / primitive erythrocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C signaling / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / coronary vein morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / positive regulation of trophoblast cell migration / endothelial cell chemotaxis / motor neuron migration / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / eye photoreceptor cell development / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of cell migration by vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / positive regulation of protein localization to early endosome / vascular wound healing / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / tube formation / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of epithelial tube formation / neuropilin binding / induction of positive chemotaxis / coronary artery morphogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / positive regulation of vascular permeability / surfactant homeostasis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / platelet-derived growth factor receptor binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / extracellular matrix binding / retinal ganglion cell axon guidance / cardiac muscle cell development / 血管新生 / positive regulation of positive chemotaxis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of p38MAPK cascade / artery morphogenesis / positive regulation of DNA biosynthetic process / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive chemotaxis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of sprouting angiogenesis / outflow tract morphogenesis / chemoattractant activity / activation of protein kinase activity / positive regulation of focal adhesion assembly / mesoderm development / monocyte differentiation / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of cell division / macrophage differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell adhesion / mammary gland alveolus development / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / 脈管形成 / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / heart morphogenesis / ovarian follicle development / cell maturation / positive regulation of protein autophosphorylation / epithelial cell differentiation / 授乳 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / positive regulation of endothelial cell proliferation / 細胞外マトリックス / positive regulation of endothelial cell migration / negative regulation of miRNA transcription / platelet alpha granule lumen / VEGFR2 mediated cell proliferation / 分泌 / kidney development / cytokine activity / positive regulation of epithelial cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / リボン / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Murray, J.M. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: The development of Peptide-based tools for the analysis of angiogenesis.
著者: Fedorova, A. / Zobel, K. / Gill, H.S. / Ogasawara, A. / Flores, J.E. / Tinianow, J.N. / Vanderbilt, A.N. / Wu, P. / Meng, Y.G. / Williams, S.P. / Wiesmann, C. / Murray, J. / Marik, J. / Deshayes, K.
履歴
登録2011年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
V: Vascular endothelial growth factor A
A: mini-Z


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2582
ポリマ－15,2582
非ポリマー00
水0
1
V: Vascular endothelial growth factor A
A: mini-Z

V: Vascular endothelial growth factor A
A: mini-Z


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5154
ポリマ－30,5154
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area15280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.940, 70.940, 161.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A / / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 11266.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VEGF, VEGFA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15692
#2: タンパク質・ペプチド mini-Z


分子量: 3990.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: fmoc solid-phase peptide synthesis

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.96 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M NaOAc, 0.02 M CaCl2, MPD 30.0% v/v, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月10日
放射
IDプロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLEx-ray1
2SINGLEx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6 % / 数: 38151 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Χ2: 1 / D res high: 2.8 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 6381 / % possible obs: 98.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.982098.510.0470.7715.6
4.775.9897.910.0730.8915.8
4.174.7798.510.0821.1626.1
3.794.1799.110.1231.1226.1
3.523.7999.110.1531.2336.3
3.323.5298.610.2121.0826.3
3.153.3298.210.2891.0226.3
3.023.1598.610.4050.9056.3
2.93.0298.710.5540.8475.9
2.82.996.910.7660.9445.1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 6381 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.079

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7801 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2506 272 4.74 %RANDOM
Rwork0.2207 ---
obs0.2224 5733 98.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.474 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 198.07 Å2 / Biso mean: 65.6861 Å2 / Biso min: 26.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.5493 Å2-0 Å2-0 Å2
2--9.5493 Å20 Å2
3----19.0986 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1058 0 0 0 1058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9891455
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.699420
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9001-3.65340.33031300.26632632276298
3.6534-40.46240.22211420.20232829297199
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.11980.1067-0.09040.0914-0.08590.0650.232-0.14910.58640.0218-0.22720.2742-0.1566-0.07640.371-0.14720.00180.2418-0.01280.2898-27.5777-25.033918.917
20.57570.6167-0.07771.5960.19530.5580.1478-0.04840.1450.2831-0.1868-0.001-0.4360.21960.243-0.0192-0.01620.2534-0.06030.2237-24.24763.63997.1739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:34A1 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2chain V and resid 13:107V13 - 107

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る