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- PDB-3rwr: Crystal structure of the human XRCC4-XLF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rwr
タイトルCrystal structure of the human XRCC4-XLF complex
要素
  • DNA repair protein XRCC4XRCC4
  • Non-homologous end-joining factor 1
キーワードDNA binding protein/protein binding / complex-filament / non-homologous end-joining (非相同末端結合) / DNA and Protein Binding / DNA binding protein-protein binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FHA domain binding / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / protein localization to site of double-strand break / response to ionizing radiation ...FHA domain binding / positive regulation of ligase activity / DNA ligase IV complex / DNA ligation involved in DNA repair / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / immunoglobulin V(D)J recombination / nonhomologous end joining complex / protein localization to site of double-strand break / response to ionizing radiation / cellular response to lithium ion / 2-LTR circle formation / T cell differentiation / response to X-ray / DNA polymerase binding / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / B cell differentiation / central nervous system development / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 核小体 / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / site of double-strand break / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #370 / DNA double-strand break repair and VJ recombination XRCC4, N-terminal / Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1 / XLF, N-terminal / XLF-Cernunnos, XRcc4-like factor, NHEJ component / XRCC4, N-terminal domain superfamily / XRCC4 / DNA double-strand break repair and V(D)J recombination protein XRCC4 / XRCC4-like, N-terminal domain superfamily ...Helix hairpin bin / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #370 / DNA double-strand break repair and VJ recombination XRCC4, N-terminal / Dna Repair Protein Xrcc4; Chain: A, domain 1 / XLF, N-terminal / XLF-Cernunnos, XRcc4-like factor, NHEJ component / XRCC4, N-terminal domain superfamily / XRCC4 / DNA double-strand break repair and V(D)J recombination protein XRCC4 / XRCC4-like, N-terminal domain superfamily / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Beta Complex / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXATANTALUM DODECABROMIDE / XRCC4 / Non-homologous end-joining factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / molecular replacement-SAD / 解像度: 3.943 Å
データ登録者Andres, S.N. / Junop, M.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of human XLF-XRCC4: assembly of a functional DNA repair complex
著者: Andres, N.S. / Wyman, C. / Modesti, M. / Junop, M.S.
履歴
登録2011年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Structure summary
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein XRCC4
B: DNA repair protein XRCC4
D: Non-homologous end-joining factor 1
E: Non-homologous end-joining factor 1
F: DNA repair protein XRCC4
G: DNA repair protein XRCC4
H: Non-homologous end-joining factor 1
I: Non-homologous end-joining factor 1
J: DNA repair protein XRCC4
K: DNA repair protein XRCC4
L: Non-homologous end-joining factor 1
M: Non-homologous end-joining factor 1
N: DNA repair protein XRCC4
P: DNA repair protein XRCC4
O: Non-homologous end-joining factor 1
Q: Non-homologous end-joining factor 1
R: DNA repair protein XRCC4
V: DNA repair protein XRCC4
S: Non-homologous end-joining factor 1
W: Non-homologous end-joining factor 1
T: Non-homologous end-joining factor 1
X: Non-homologous end-joining factor 1
U: DNA repair protein XRCC4
Y: DNA repair protein XRCC4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)558,22232
ポリマ－541,86624
非ポリマー16,3568
水0
1
A: DNA repair protein XRCC4
B: DNA repair protein XRCC4
D: Non-homologous end-joining factor 1
E: Non-homologous end-joining factor 1
F: DNA repair protein XRCC4
G: DNA repair protein XRCC4
H: Non-homologous end-joining factor 1
I: Non-homologous end-joining factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,71110
ポリマ－180,6228
非ポリマー4,0892
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)745.379, 149.585, 80.475
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a filament of alternating homodimers of XRCC4 and XLF. The unit is assembled by the following chains: GF, IH, BA, ED. This has been confirmed by SAXS (Hammel, M., Yu, Y., Fang, S., Lees-Miller, S.P., and Tainer, J.A. (2010). XLF regulates filament architecture of the XRCC4-ligaseIV complex. Structure. 11, 1431-1442.).

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要素

#1: タンパク質
DNA repair protein XRCC4 / XRCC4 / X-ray repair cross-complementing protein 4


分子量: 18869.123 Da / 分子数: 12 / 断片: unp residues 1-157 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q13426
#2: タンパク質
Non-homologous end-joining factor 1 / Protein cernunnos / XRCC4-like factor


分子量: 26286.348 Da / 分子数: 12 / 断片: unp residues 1-224 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NHEJ1, XLF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q9H9Q4
#3: 化合物
ChemComp-TBR / HEXATANTALUM DODECABROMIDE / DODECABROMOHEXATANTALUM


分子量: 2044.535 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br12Ta6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.8M Ammonium citrate, pH 8.0, 20 mM Barium chloride dihydrate, 400 mM sodium thiocyanate, 0.5 mM tantalum bromide, 60% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.2536 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月24日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→50 Å / Num. all: 78630 / Num. obs: 78630 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.9→4.2 Å / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.2_869精密化
PHENIXモデル構築
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
CBASSデータ収集
精密化構造決定の手法: molecular replacement-SAD / 解像度: 3.943→49.027 Å / SU ML: 1.55 / σ(F): 0 / 位相誤差: 36.08 / 立体化学のターゲット値: MLHL
詳細: THE TA ATOM FOR CHAINS P AND V HAS BEEN REFINED WITH OCCUPANCY HIGHER THAN 1.0.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3256 3879 5.03 %
Rwork0.2707 --
obs0.2735 77191 99.14 %
all-77252 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 157.435 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--58.2565 Å20 Å2-37.7716 Å2
2--44.8642 Å2-0 Å2
3---13.3923 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.943→49.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36689 0 144 0 36833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00337747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78850670
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5313882
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0655660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036519
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9427-3.99070.4165950.39312157X-RAY DIFFRACTION81
3.9907-4.04120.41491510.38092644X-RAY DIFFRACTION100
4.0412-4.09440.40661390.36212532X-RAY DIFFRACTION100
4.0944-4.15040.42851370.35562683X-RAY DIFFRACTION100
4.1504-4.20970.37811230.32872624X-RAY DIFFRACTION100
4.2097-4.27250.35451520.32232631X-RAY DIFFRACTION100
4.2725-4.33920.35551340.29152557X-RAY DIFFRACTION100
4.3392-4.41030.31341280.26712660X-RAY DIFFRACTION100
4.4103-4.48630.33181360.25912696X-RAY DIFFRACTION100
4.4863-4.56780.32091200.26022602X-RAY DIFFRACTION100
4.5678-4.65560.29491260.23762615X-RAY DIFFRACTION100
4.6556-4.75060.31811490.24492665X-RAY DIFFRACTION100
4.7506-4.85380.31341280.23792590X-RAY DIFFRACTION100
4.8538-4.96660.28961340.24422647X-RAY DIFFRACTION100
4.9666-5.09070.32691440.24982613X-RAY DIFFRACTION100
5.0907-5.22810.31291230.2522642X-RAY DIFFRACTION100
5.2281-5.38180.39891500.27872681X-RAY DIFFRACTION100
5.3818-5.55530.39481440.34022573X-RAY DIFFRACTION100
5.5553-5.75350.44651640.3672665X-RAY DIFFRACTION100
5.7535-5.98350.38531400.35582584X-RAY DIFFRACTION100
5.9835-6.25530.40251480.36762677X-RAY DIFFRACTION100
6.2553-6.58440.43781460.35942611X-RAY DIFFRACTION100
6.5844-6.99580.38421260.32762640X-RAY DIFFRACTION100
6.9958-7.53420.40061420.28132667X-RAY DIFFRACTION100
7.5342-8.28910.27351700.21022630X-RAY DIFFRACTION100
8.2891-9.48110.22291450.16662665X-RAY DIFFRACTION100
9.4811-11.91670.20291500.17142637X-RAY DIFFRACTION99
11.9167-49.03040.3371350.30112724X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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