PDB-3r0j: Structure of PhoP from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3r0j

タイトル

Structure of PhoP from Mycobacterium tuberculosis

要素

POSSIBLE TWO COMPONENT SYSTEM RESPONSE TRANSCRIPTIONAL POSITIVE REGULATOR PHOP

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / beta-alpha fold / winged helix-turn-helix / transcription regulator / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

protein secretion by the type VII secretion system / glycolipid biosynthetic process / phosphorelay response regulator activity / positive regulation of lipid biosynthetic process / protein-DNA complex / response to oxidative stress / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Menon, S. / Wang, S.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structure of the Response Regulator PhoP from Mycobacterium tuberculosis Reveals a Dimer through the Receiver Domain.
著者: Menon, S. / Wang, S.

履歴

登録	2011年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月29日	Group: Structure summary

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3r0j.cif.gz	187.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3r0j.ent.gz	157.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3r0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3r0j_validation.pdf.gz	464.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3r0j_full_validation.pdf.gz	468.8 KB	表示
XML形式データ	3r0j_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	3r0j_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/3r0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r0/3r0j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1sce-d 3ded-d 2etn-d 1k23-1 1gxp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (10) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: POSSIBLE TWO COMPONENT SYSTEM RESPONSE TRANSCRIPTIONAL POSITIVE REGULATOR PHOP

B: POSSIBLE TWO COMPONENT SYSTEM RESPONSE TRANSCRIPTIONAL POSITIVE REGULATOR PHOP

ヘテロ分子

56.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.228, 138.242, 58.906
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	19 - 84
2	1	1	3	B	19 - 84
1	2	1	3	A	86 - 139
2	2	1	3	B	86 - 139
1	1	2	3	A	151 - 225
2	1	2	3	B	151 - 225
1	2	2	3	A	230 - 243
2	2	2	3	B	230 - 243

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	POSSIBLE TWO COMPONENT SYSTEM RESPONSE TRANSCRIPTIONAL POSITIVE REGULATOR PHOP 分子量: 28050.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: phoP, Rv0757 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P71814
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 1.8 M ammonium sulfate, 1.5% PEG 400, 12% 1.2-propanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X6A / 波長: 0.9804, 0.9800, 0.9537

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月12日

放射

モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9804	1
2	0.98	1
3	0.9537	1

反射

解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 22929 / Num. obs: 22929 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / B_iso Wilson estimate: 46.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 16.6

反射シェル

解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.765 / Mean I/σ(I) obs: 2.78 / Num. unique all: 1104 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 16.929 / SU ML: 0.178 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24515	1157	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21174	-	-	-
obs	0.21344	21622	98.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.796 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.8 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3514	0	30	78	3622

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3598
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.589	1.988	4879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.628	5	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.365	22.606	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.952	15.049	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.333	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.756	1.5	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.458	2	3562
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.495	3	1393
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.048	4.5	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	480	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	440	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
1	480	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
1	440	LOOSE THERMAL	0.15	10
2	356	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	373	LOOSE POSITIONAL	0.07	5
2	356	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
2	373	LOOSE THERMAL	0.13	10

LS精密化シェル

解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	85	-
R_work	0.252	1528	-
obs	-	-	95.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8757	-0.3957	-0.6525	2.4314	-0.3799	2.8109	-0.084	-0.1199	-0.2753	0.0604	0.0709	0.1727	0.3284	0.0594	0.0131	0.2443	-0.013	-0.0084	0.1279	-0.0098	0.1571	35.827	30.273	-11.421
2	14.043	-2.2286	-2.3518	6.4624	0.6376	1.5237	-0.0173	0.26	-2.0722	-0.1773	-0.1441	-0.3347	0.0717	-0.0564	0.1613	0.1618	-0.0097	0.0065	0.0797	-0.0017	0.6041	29.177	11.66	-47.114
3	4.2501	0.3443	-0.8215	2.4192	0.1648	3.3952	-0.0342	0.2031	-0.2333	-0.04	0.0142	-0.1496	0.2693	-0.0727	0.02	0.2093	0.0221	-0.005	0.1449	-0.0204	0.1318	62.351	30.416	-18.275
4	2.9762	0.382	-0.6833	7.7618	-1.0236	2.6595	-0.022	0.0933	-0.073	0.0752	0.18	0.6796	0.1328	-0.1134	-0.158	0.0953	-0.0005	-0.0037	0.0106	0.0002	0.1909	69.891	10.672	16.072

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	17 - 141
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	148 - 246
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	18 - 141
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	150 - 246

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関連情報:EMDBヘッダ

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