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- PDB-3oj7: Crystal structure of a histidine triad family protein from entamo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oj7
タイトルCrystal structure of a histidine triad family protein from entamoeba histolytica, bound to sulfate
要素Putative histidine triad family protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / HYDROLASE (加水分解酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; リン-窒素結合に作用; - / adenosine 5'-monophosphoramidase activity / hydrolase activity / nucleotide binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine triad nucleotide-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: Structures of a histidine triad family protein from Entamoeba histolytica bound to sulfate, AMP and GMP.
著者: Lorimer, D.D. / Choi, R. / Abramov, A. / Nakazawa Hewitt, S. / Gardberg, A.S. / Van Voorhis, W.C. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Edwards, T.E.
履歴
登録2010年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年5月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative histidine triad family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1793
ポリマ－13,0171
非ポリマー1612
水1,76598
1
A: Putative histidine triad family protein
ヘテロ分子

A: Putative histidine triad family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3576
ポリマ－26,0342
非ポリマー3234
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area4360 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area10000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.890, 61.030, 67.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-167-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative histidine triad family protein


分子量: 13017.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EHI_093910 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4LYI2
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.05 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: INTERNAL TRACKING 216243A1. JCSG SCREEN CONDITION A1: 50% PEG400, 0.1 M ACETATE BUFFER PH 4.5, 200 MM LI2SO4, ENHIA.01296.A.A1 PS00632 AT 83.2 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→34.37 Å / Num. all: 21814 / Num. obs: 21768 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.03 % / Biso Wilson estimate: 24.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 25.27
反射 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / 冗長度: 7.12 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1582 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XQU

1xqu
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.4→34.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.847 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 1111 5.1 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs0.163 21706 --
all-21814 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.77 Å20 Å2
3---0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→34.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数856 0 6 98 960
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022905
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6971.9641234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97731495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3055116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.47625.89739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.72715163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.917151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02163
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.991.5555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2791.5223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72908
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6663350
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3134.5322
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 95 -
Rwork0.247 1479 -
obs--99.75 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.8562 Å / Origin y: 23.5031 Å / Origin z: 27.9014 Å
111213212223313233
T0.0336 Å2-0.0137 Å20.022 Å2-0.0161 Å2-0.0146 Å2--0.0262 Å2
L1.2023 °20.3502 °20.3386 °2-1.4579 °20.0847 °2--1.0041 °2
S-0.132 Å °0.0899 Å °-0.1474 Å °-0.1064 Å °0.0958 Å °-0.0736 Å °0.0437 Å °-0.0003 Å °0.0362 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION1A1 - 114

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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