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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3oa7 | ||||||
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タイトル | Structure of the C-terminal domain of Cnm67, a core component of the spindle pole body of Saccharomyces cerevisiae | ||||||
要素 | Head morphogenesis protein, Chaotic nuclear migration protein 67 fusion protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / coiled coils / spindle pole body | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 outer plaque of mitotic spindle pole body / spindle pole body organization / outer plaque of spindle pole body / viral scaffold / spindle pole body / sporulation resulting in formation of a cellular spore / virion assembly / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / structural constituent of cytoskeleton ...outer plaque of mitotic spindle pole body / spindle pole body organization / outer plaque of spindle pole body / viral scaffold / spindle pole body / sporulation resulting in formation of a cellular spore / virion assembly / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / structural constituent of cytoskeleton / 細胞分裂 / DNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus phage phi29 (ファージ) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Klenchin, V.A. / Frye, J.J. / Rayment, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011 タイトル: Structure-function analysis of the C-terminal domain of CNM67, a core component of the Saccharomyces cerevisiae spindle pole body. 著者: Klenchin, V.A. / Frye, J.J. / Jones, M.H. / Winey, M. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3oa7.cif.gz | 90.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3oa7.ent.gz | 74.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3oa7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/3oa7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oa/3oa7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24281.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus phage phi29 (ファージ), (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: 7, CNM67, YNL225C, N1264 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13848, UniProt: P53865 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.98 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 10% monomethyl PEG 5000, 1.0M tetramethyl ammonium chloride, 100 mM CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月16日 |
放射 | モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97921 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 14536 / Num. obs: 14536 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 13.059 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 81.842 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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