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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3o2k | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Brevianamide F Prenyltransferase Complexed with Brevianamide F and Dimethylallyl S-thiolodiphosphate | |||||||||
要素 | Brevianamide F prenyltransferase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / PT Barrel / Brevianamide F Prenyltransferase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tryprostatin B synthase / トリプトファニルアミノペプチダーゼ / verruculogen biosynthetic process / prenyltransferase activity / aminopeptidase activity / タンパク質分解 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Jost, M. / Zocher, G.E. / Stehle, T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010 タイトル: Structure-function analysis of an enzymatic prenyl transfer reaction identifies a reaction chamber with modifiable specificity. 著者: Jost, M. / Zocher, G. / Tarcz, S. / Matuschek, M. / Xie, X. / Li, S.M. / Stehle, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3o2k.cif.gz | 186.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3o2k.ent.gz | 147.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3o2k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/3o2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/3o2k | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 53898.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (アスペルギルス・フミガーツス) 遺伝子: ftmPT1 / プラスミド: pQE70 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 Blue MRF / 参照: UniProt: Q4G2I1, UniProt: Q4WAW7*PLUS |
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-非ポリマー , 5種, 51分子
#2: 化合物 | ChemComp-DST / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-QRP / ( | ||
#4: 化合物 | ChemComp-MES / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.7 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.3M ammonium sulfate, 0.2M lithium sulfate, 0.1M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. Stepwise transferred to 1.3M lithium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 2.5mM brevianamide F, 10mM dimethylallyl S- ...詳細: 1.3M ammonium sulfate, 0.2M lithium sulfate, 0.1M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP. Stepwise transferred to 1.3M lithium sulfate, 0.1M MES pH 6.5, 2.5mM brevianamide F, 10mM dimethylallyl S-thiolodiphosphate for soaking, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年12月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 17531 / Num. obs: 17518 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 23.6 % / Biso Wilson estimate: 50.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 29.95 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 27 % / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 8.61 / Num. unique all: 1258 / Rsym value: 0.407 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3O24 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 19.944 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.574 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.076 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -19.5448 Å / Origin y: 17.4432 Å / Origin z: 0.9004 Å
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精密化 TLSグループ |
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