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- PDB-3ny5: Crystal structure of the RBD domain of serine/threonine-protein k... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 3ny5
タイトルCrystal structure of the RBD domain of serine/threonine-protein kinase B-raf from Homo sapiens. Northeast Structural Genomics Consortium Target HR4694F
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / NESG / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / head morphogenesis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling ...trehalose metabolism in response to stress / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / head morphogenesis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / mitogen-activated protein kinase kinase binding / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / positive regulation of axonogenesis / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / positive regulation of axon regeneration / face development / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / thyroid gland development / MAP kinase kinase activity / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / response to cAMP / positive regulation of stress fiber assembly / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to calcium ion / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to nerve growth factor stimulus / thymus development / long-term synaptic potentiation / animal organ morphogenesis / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / visual learning / MAP2K and MAPK activation / epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to peptide hormone / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular response to xenobiotic stimulus / presynapse / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / T cell differentiation in thymus / cell body / regulation of cell population proliferation / T cell receptor signaling pathway / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / neuron projection / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Roll / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.993 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Shastry, R. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Shastry, R. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the RBD domain of serine/threonine-protein kinase B-raf from Homo sapiens.
著者: Vorobiev, S. / Su, M. / Seetharaman, J. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Shastry, R. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2010年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf
D: Serine/threonine-protein kinase B-raf


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0464
ポリマ－45,0464
非ポリマー00
水4,504250
1
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5232
ポリマ－22,5232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9950 Å2
手法PISA
2
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf

D: Serine/threonine-protein kinase B-raf


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5232
ポリマ－22,5232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y+1/2,-z+3/21
Buried area1760 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9620 Å2
手法PISA
3
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf
D: Serine/threonine-protein kinase B-raf


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5232
ポリマ－22,5232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.805, 69.418, 114.607
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Dimer according to aggregation screening

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要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 11261.486 Da / 分子数: 4 / 断片: RBD domain residues 153-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 6.5
詳細: 28% PEG 2000, 0.1M Bis-tris, pH 6.5, Microbatch under Paraffin oil, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月9日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 41777 / Num. obs: 41610 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 23.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 38.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.199 / Mean I/σ(I) obs: 9.1 / Num. unique all: 4119 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6_289精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.993→37.602 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.23 / 位相誤差: 28.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 2132 5.14 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.213 41488 99.1 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.594 Å2 / ksol: 0.384 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 132.85 Å2 / Biso mean: 31.144 Å2 / Biso min: 5.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.197 Å2-0 Å20 Å2
2---3.228 Å20 Å2
3---9.425 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.993→37.602 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2550 0 0 250 2800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5213569
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.104423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007446
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3161007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.993-2.0390.251280.1872422255093
2.039-2.090.2451500.19526912841100
2.09-2.1470.2831210.20226252746100
2.147-2.210.2951550.18626522807100
2.21-2.2810.2321330.20226222755100
2.281-2.3630.2821260.19226852811100
2.363-2.4570.2751440.21326352779100
2.457-2.5690.2861560.20726352791100
2.569-2.7050.2891690.21326062775100
2.705-2.8740.291360.21126612797100
2.874-3.0960.2531510.20426482799100
3.096-3.4070.2731670.18526052772100
3.407-3.90.2361260.18326712797100
3.9-4.9120.2311430.1826242767100
4.912-37.6080.2831270.2542574270196
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4972-0.17650.23850.9762-0.12840.6417-0.0036-00.0470.00050.00020.0856-0.08050.02680.00140.07710.00030.01270.04820.00240.03552.555444.496960.2131
20.9312-0.414-0.03970.87240.16760.62260.0064-0.0007-0.11250.01830.0019-0.07180.0352-0.0401-0.01820.0584-0.0113-0.02140.0574-0.00310.061914.914225.188960.1907
31.75950.49280.08260.8146-0.08081.0578-0.01670.07180.20710.0064-0.03890.32860.0525-0.02260.04630.0562-0.0104-0.01010.0874-0.01530.12254.381663.658482.4547
41.4777-0.33330.16040.816-0.04920.6911-0.068-0.0073-0.0460.0594-0.02990.1502-0.06020.07270.07840.0870.00290.01210.1081-0.01130.08423.85348.141688.5362
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA151 - 233
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB150 - 235
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC152 - 235
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD151 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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