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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3np1 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF NITROPHORIN 1 FROM RHODNIUS PROLIXUS WITH CYANIDE | ||||||
要素 | NITROPHORIN 1 | ||||||
キーワード | NITRIC OXIDE TRANSPORT / FERRIC HEME / HISTAMINE (ヒスタミン) / ANTIHISTAMINE (抗ヒスタミン薬) / VASODILATOR / LIPOCALIN / CYANIDE (シアン化物) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodnius prolixus (カメムシ) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Weichsel, A. / Andersen, J.F. / Champagne, D.E. / Walker, F.A. / Montfort, W.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: Crystal structures of a nitric oxide transport protein from a blood-sucking insect. 著者: Weichsel, A. / Andersen, J.F. / Champagne, D.E. / Walker, F.A. / Montfort, W.R. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Nitric Oxide Binding and Crystallization of Recombinant Nitrophorin I, a Nitric Oxide Transport Protein from the Blood-Sucking Bug Rhodnius Prolixus 著者: Andersen, J.F. / Champagne, D.E. / Weichsel, A. / Ribeiro, J.M. / Balfour, C.A. / Dress, V. / Montfort, W.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3np1.cif.gz | 84.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3np1.ent.gz | 68.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3np1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/3np1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/3np1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.697379, -0.038635, -0.715661), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20510.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / 細胞株: BL21 / 器官: SALIVARY GLAND唾液腺 / プラスミド: PET17B-NP1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q26239 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 2.8 M AMMONIUM PHOSPHATE, 0.1 M TRIS.HCL, PH 7.5, ROOM TEMPERATURE | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Andersen, J.F., (1997) Biochemistry, 36, 4423. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1997年10月17日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→28 Å / Num. obs: 16620 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 97.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 46715 / Rmerge(I) obs: 0.053 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1NP1 解像度: 2.3→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT CORRECTION WITH K = 0.3435, B = 94.9.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 32 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: UNRESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.081 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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