+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3nn0 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Complex of 6-hydroxy-L-nicotine oxidase with nicotinamide | ||||||
要素 | 6-hydroxy-L-nicotine oxidase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ENANTHIOMERIC SUBSTRATE-INHIBITOR / FLAVOENZYMES / NICOTINE DEGRADATION / FAD fold / amino oxidase / FAD binding / cytosol (細胞質基質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (S)-6-ヒドロキシニコチンオキシダーゼ / (S)-6-hydroxynicotine oxidase activity / nicotine catabolic process / alkaloid metabolic process / nucleotide binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arthrobacter nicotinovorans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å | ||||||
データ登録者 | Kachalova, G.S. / Bartunik, H.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Crystal structure analysis of free and substrate-bound 6-hydroxy-L-nicotine oxidase from Arthrobacter nicotinovorans. 著者: Kachalova, G.S. / Bourenkov, G.P. / Mengesdorf, T. / Schenk, S. / Maun, H.R. / Burghammer, M. / Riekel, C. / Decker, K. / Bartunik, H.D. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010 タイトル: Crystal structure analysis of free and substrate-bound 6-hydroxy-L-nicotine from Arthrobacter nicotinovorans 著者: Kachalova, G.S. / Bourenkov, G.P. / Mengesdorf, T. / Schenk, S. / Maun, H.R. / Burghammer, M. / Riekel, C. / Decker, K. / Bartunik, H.D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3nn0.cif.gz | 106.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3nn0.ent.gz | 79.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3nn0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/3nn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/3nn0 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47214.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arthrobacter nicotinovorans (バクテリア) 遺伝子: 6-HLNO / プラスミド: pTrc99A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 参照: UniProt: Q93NH4, (S)-6-ヒドロキシニコチンオキシダーゼ |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-NCA / |
#3: 化合物 | ChemComp-FAD / |
#4: 化合物 | ChemComp-GP7 / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.87 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20mM Sodium phosphate; 4M sodium formiate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月8日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→20 Å / Num. all: 20443 / Num. obs: 20443 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 27.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 991 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB 3K7M 解像度: 2.75→14.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 9.749 / SU ML: 0.195 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.286 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.823 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.75→14.4 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20
|