+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ncm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NEURAL CELL ADHESION MOLECULE, MODULE 2, NMR, 20 STRUCTURES | ||||||
要素 | PROTEIN (NEURAL CELL ADHESION MOLECULE, LARGE ISOFORM) | ||||||
キーワード | CELL ADHESION PROTEIN (細胞接着分子) / CELL ADHESION (細胞接着) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / HEPARIN-BINDING / GPI-ANCHOR (グリコシルホスファチジルイノシトール) / NEURAL ADHESION MOLECULE / IMMUNOGLOBULIN FOLD / HOMOPHILIC BINDING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of exocyst assembly / NCAM1 interactions / Signal transduction by L1 / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / NCAM signaling for neurite out-growth / LRR domain binding / homotypic cell-cell adhesion / RAF/MAP kinase cascade / thalamus development / commissural neuron axon guidance ...regulation of exocyst assembly / NCAM1 interactions / Signal transduction by L1 / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / NCAM signaling for neurite out-growth / LRR domain binding / homotypic cell-cell adhesion / RAF/MAP kinase cascade / thalamus development / commissural neuron axon guidance / axonal fasciculation / negative regulation of programmed cell death / neuron development / 上皮間葉転換 / multicellular organismal response to stress / phosphatase binding / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / response to cocaine / calcium-mediated signaling / response to lead ion / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / neuron projection development / cell-cell junction / presynaptic membrane / 髄鞘 / heparin binding / 成長円錐 / postsynaptic membrane / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / response to xenobiotic stimulus / 神経繊維 / external side of plasma membrane / neuronal cell body / glutamatergic synapse / 細胞膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING | ||||||
データ登録者 | Jensen, P.H. / Soroka, V. / Thomsen, N.K. / Berezin, V. / Bock, E. / Poulsen, F.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999 タイトル: Structure and interactions of NCAM modules 1 and 2, basic elements in neural cell adhesion 著者: Jensen, P.H. / Soroka, V. / Thomsen, N.K. / Ralets, I. / Berezin, V. / Bock, E. / Poulsen, F.M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ncm.cif.gz | 585.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3ncm.ent.gz | 489.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ncm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/3ncm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/3ncm | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10581.343 Da / 分子数: 1 / 断片: MODULE 2 / 変異: K1Y, L2V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: ESCHERICHIA COLI STRAIN TOP 10 F' / プラスミド: PHIL-S1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): HIS 4 GS-115 / 参照: UniProt: P13594, UniProt: P13595*PLUS |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 | 内容: 10% H2O/90% D2O |
---|---|
試料状態 | イオン強度: 70 mM / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz |
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |