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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3n5q | ||||||
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タイトル | Structure of endothelial nitric oxide synthase heme domain complexed with 6,6'-(2,2'-(5-amino-1,3-phenylene)bis(ethane-2,1-diyl))bis(4-methylpyridin-2-amine) | ||||||
要素 | Nitric oxide synthase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / nitric oxide synthase / heme enzyme / substrate inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure ...cellular response to laminar fluid shear stress / positive regulation of guanylate cyclase activity / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / mitochondrion organization / caveola / blood coagulation / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / response to lipopolysaccharide / calmodulin binding / cytoskeleton / heme binding / Golgi apparatus / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Delker, S.L. / Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010 タイトル: Role of zinc in isoform-selective inhibitor binding to neuronal nitric oxide synthase . 著者: Delker, S.L. / Xue, F. / Li, H. / Jamal, J. / Silverman, R.B. / Poulos, T.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3n5q.cif.gz | 334.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3n5q.ent.gz | 272.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3n5q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3n5q_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3n5q_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3n5q_validation.xml.gz | 32.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3n5q_validation.cif.gz | 42.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/3n5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/3n5q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3n5pC 3n5rC 3n5sC 3n5tC 3n5vC 3n5wC 3n5xC 3n5yC 3n5zC 3n60C 3n61C 3n62C 3n63C 3n64C 3n65C 3n66C 3n67C 3n68C 3n69C 3n6aC 3n6bC 3n6cC 3n6dC 3n6eC 3n6fC 3n6gC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49710.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: NOS3 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P29473, nitric-oxide synthase (NADPH) |
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-非ポリマー , 6種, 38分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-ZN / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT THEIR DENSITY SUPPORTS THAT THE RESIDUE IS ARG. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.79 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 9-12% PEG 3350, 0.2M magnesium acetate, 0.1M sodium cacodylate, 0.005M TCEP-HCl , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月29日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 21944 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 57.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 8.87 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.789 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique all: 1050 / Rsym value: 0.789 / % possible all: 98.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.9→42.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 38.827 / SU ML: 0.352 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.451 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.163 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→42.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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