[日本語] English
万見
- PDB-3lkm: 1.6 Angstrom Crystal Structure of the Alpha-kinase Domain of Myos... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3lkm
タイトル1.6 Angstrom Crystal Structure of the Alpha-kinase Domain of Myosin Heavy Chain Kinase A Complex with AMP
要素Myosin heavy chain kinase A
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Protein Kinase-like fold / ATP-binding / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / Alpha-kinase / Coiled coil (コイルドコイル) / WD repeat (WD40リピート)
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin-heavy-chain kinase / myosin heavy chain kinase activity / myosin II filament disassembly / ADP phosphatase activity / actomyosin contractile ring / actin crosslink formation / myosin II binding / AMP binding / actin filament bundle assembly / mitotic cytokinesis ...myosin-heavy-chain kinase / myosin heavy chain kinase activity / myosin II filament disassembly / ADP phosphatase activity / actomyosin contractile ring / actin crosslink formation / myosin II binding / AMP binding / actin filament bundle assembly / mitotic cytokinesis / cAMP binding / ADP binding / 走化性 / actin filament binding / 細胞皮質 / protein autophosphorylation / protein kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein kinase-like fold / MHCK/EF2 kinase / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat ...Protein kinase-like fold / MHCK/EF2 kinase / MHCK/EF2 kinase / Alpha-kinase family / Alpha-type protein kinase domain profile. / Alpha-kinase family / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Alpha-Beta Barrel / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / リン酸塩 / Myosin heavy chain kinase A
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ye, Q. / Jia, Z.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of the {alpha}-Kinase Domain of Dictyostelium Myosin Heavy Chain Kinase A.
著者: Ye, Q. / Crawley, S.W. / Yang, Y. / Cote, G.P. / Jia, Z.
履歴
登録2010年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Myosin heavy chain kinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2028
ポリマ－34,5271
非ポリマー6757
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.224, 83.777, 44.364
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-203-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Myosin heavy chain kinase A / MHCK-A


分子量: 34526.582 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 552-841 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
株: AX3 / 遺伝子: DDB_G0291231, mhckA, mhkA / プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42527, myosin-heavy-chain kinase

-
非ポリマー , 5種, 312分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M potassium phosphate, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS F110.918
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF22.29
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 11CCD2007年4月18日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2007年3月22日Cr VariMax Multilayer Optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9181
22.291
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 37007 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 46.52
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 9.77 / % possible all: 78.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.4.0069精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→28.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 1.357 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22364 1849 5 %RANDOM
Rwork0.19364 ---
obs0.19507 34910 96.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.733 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1964 0 37 305 2306
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1351.9892755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6665244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.79925.34188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.6615373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.66157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5911.51228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15521988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7453811
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9184.5767
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 103 -
Rwork0.212 1941 -
obs--73.42 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る