PDB-3kts: CRYSTAL STRUCTURE OF GLYCEROL UPTAKE OPERON ANTITERMINATOR REGULA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kts

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF GLYCEROL UPTAKE OPERON ANTITERMINATOR REGULATORY PROTEIN FROM LISTERIA MONOCYTOGENES STR. 4b F2365

要素

Glycerol uptake operon antiterminator regulatory protein

キーワード

TRANSCRIPTIONAL REGULATOR /

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI-2 /

ANTITERMINATOR /

PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / NYSGXRC / PHOSPHOGLYCEROL

機能・相同性

Aldolase class I /

TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / Unknown ligand / :

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes str. 4b (リステリア・モノサイトゲネス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Patskovsky, Y. / Toro, R. / Freeman, J. / Do, J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF GLYCEROL UPTAKE OPERON ANTITERMINATOR REGULATORY PROTEIN FROM LISTERIA MONOCYTOGENES STR. 4b F2365
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Freeman, J. / Do, J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2009年11月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3kts.ent.gz	234.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/3kts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/3kts	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1wxo-2 3mfj-d 1ivn-d 5ycd-2 5ycf-1 6r57-2 5x6k-1 5xz2-2 1sbq-2 3b7g-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-13910a

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: NYSGXRC-13910a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycerol uptake operon antiterminator regulatory protein

B: Glycerol uptake operon antiterminator regulatory protein

C: Glycerol uptake operon antiterminator regulatory protein

D: Glycerol uptake operon antiterminator regulatory protein

E: Glycerol uptake operon antiterminator regulatory protein

F: Glycerol uptake operon antiterminator regulatory protein

G: Glycerol uptake operon antiterminator regulatory protein

H: Glycerol uptake operon antiterminator regulatory protein

170 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Glycerol uptake operon antiterminator regulatory protein

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2

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H: Glycerol uptake operon antiterminator regulatory protein

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単位格子

Length a, b, c (Å)	137.603, 110.599, 130.971
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 116.44, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H

詳細

Authors state that the biological unit is likely homo dimer.

#1: タンパク質	Glycerol uptake operon antiterminator regulatory protein / G3P ANTITERMINATOR 分子量: 21296.836 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes str. 4b (リステリア・モノサイトゲネス) 株: F2365 / 遺伝子: glpP, LMOf2365_1424 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71ZR5
#2: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.15M DL MALIC ACID PH 7, 20% PEG3350, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9792
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月10日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→40 Å / Num. obs: 45680 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 2.1 % / B_iso Wilson estimate: 98.618 Å² / R_sym value: 0.64 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELX		モデル構築
PHENIX		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
REFMAC	5.3.0034	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.75→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 35.925 / SU ML: 0.333 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.388 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2715	1405	3.1 %	RANDOM
R_work	0.21786	-	-	-
obs	0.21964	43659	98.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 99.503 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.06 Å²	0 Å²	0.86 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11354	0	80	2	11436

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	11599
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.22	1.98	15686
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.869	5	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.194	26.711	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.512	15	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.872	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	8270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.131	0.3	5237
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.5	7664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.5	504
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.117	0.3	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.129	0.5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.917	2	7571
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.121	3	11854
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.312	4	4454
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	13.343	6	3832
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1345 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.39	0.5
medium positional	0.44	0
medium positional	0.46	0
medium positional	0.49	0
medium positional	0.52	0
medium positional	0.55	0
medium positional	0.51	0
medium positional	0.54	0
medium thermal	12.25	10
medium thermal	8.03	0.01
medium thermal	7.87	0
medium thermal	8.66	0
medium thermal	9	0
medium thermal	9.15	0
medium thermal	11.82	0
medium thermal	11.39	0

LS精密化シェル

解像度: 2.752→2.822 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.398	96	-
R_work	0.308	2845	-
obs	-	-	89.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4077	-0.2871	0.1302	1.7129	0.2867	1.6398	-0.0325	-0.0066	-0.0733	0.1023	0.0374	0.0153	0.0283	0.3266	-0.005	-0.082	0.0261	-0.0355	0.0077	0.0511	-0.0331	-38.028	13.354	34.394
2	1.3695	-0.6858	-0.0754	1.3715	0.2567	0.9621	-0.0223	0.0791	-0.4788	0.0195	-0.0895	0.6215	0.0818	-0.0067	0.1118	-0.124	-0.0179	-0.0303	-0.1269	-0.0185	0.2682	-67.157	10.834	27.614
3	1.4957	-0.1685	0.3646	1.8659	-0.253	0.7704	-0.0697	0.1058	-0.1002	0.2937	0.2272	0.2289	-0.2179	-0.3721	-0.1576	-0.0944	0.0809	0.0772	0.1435	0.0408	-0.0939	-63.987	-36.98	20.509
4	1.2438	0.5758	-0.379	1.4503	0.0263	0.7511	0.0119	0.1276	-0.3195	0.3589	0.0348	-0.3757	0.0303	-0.0052	-0.0466	0.0086	0.0646	-0.0768	-0.0778	-0.0323	0.0124	-38.118	-44.778	32.911
5	0.6524	0.2969	0.1122	1.2096	-0.2117	0.6369	-0.1218	0.174	0.0445	0.0859	0.1605	-0.3859	-0.1449	0.0102	-0.0387	-0.1223	-0.0383	0.006	0.017	-0.0384	0.1168	-22.28	-13.588	12.874
6	0.6446	0.2566	-0.5426	1.2748	-0.3663	1.1386	-0.0071	0.3875	0.0057	-0.1312	0.0782	-0.1096	-0.0343	-0.419	-0.0711	-0.0669	0.0464	0.0273	0.2539	0.0505	-0.1279	-43.802	-16.971	-7.721
7	1.2321	-0.07	0.0913	0.3053	-0.3689	1.5553	-0.1017	0.0339	0.0627	-0.0204	-0.0508	-0.2729	-0.3827	0.1532	0.1526	0.1238	-0.096	0.0464	-0.1434	-0.0207	0.0594	-54.191	-11.182	67.681
8	1.2834	0.1336	-0.7559	0.4802	-0.0425	1.2642	0.0469	0.2875	0.0252	-0.4092	-0.0422	-0.1407	0.024	-0.2891	-0.0047	0.3147	0.0638	-0.0273	-0.0382	-0.024	-0.1994	-78.04	-19.513	51.515

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 185
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 185
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 183
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 183
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 185
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 184
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	3 - 185
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	3 - 185

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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