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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k7a | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of an RNA polymerase II-TFIIB complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase II (RNAポリメラーゼII) / TFIIB / DNA-binding / DNA-directed RNA polymerase (ポリメラーゼ) / Isopeptide bond / Magnesium (マグネシウム) / Metal-binding / Nucleotidyltransferase / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Transferase (転移酵素) / Zinc-finger (ジンクフィンガー) / DNA damage (DNA修復) / DNA repair (DNA修復) / Transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase II complex recruiting activity / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / 転写開始前複合体 / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE ...RNA polymerase II complex recruiting activity / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / 転写開始前複合体 / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase II transcription / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / DNA修復 / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II, core complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / cytoplasmic stress granule / ペルオキシソーム / リボソーム生合成 / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / mRNA binding / 核小体 / ミトコンドリア / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, X. / Bushnell, D.A. / Wang, D. / Calero, G. / Kornberg, R.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2010 タイトル: Structure of an RNA polymerase II-TFIIB complex and the transcription initiation mechanism. 著者: Liu, X. / Bushnell, D.A. / Wang, D. / Calero, G. / Kornberg, R.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k7a.cif.gz | 767.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3k7a.ent.gz | 603.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k7a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/3k7a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/3k7a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1r5uS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 5種, 5分子 ABCIK
#1: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein A tag on RPB1 CTD 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: D2150, RPB1, RPB220, RPO21, SUA8, YDL140C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, ポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein A tag on RPB1 CTD 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB150, RPB2, RPO22, YOR151C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P08518, ポリメラーゼ |
#3: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein A tag on RPB1 CTD 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB3, YIL021W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P16370 |
#7: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein A tag on RPB1 CTD 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB9, YGL070C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P27999 |
#9: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein A tag on RPB1 CTD 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB11, YOL005C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38902 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#4: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein A tag on RPB1 CTD 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPA7, RPB5, RPC9, YBR1204, YBR154C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20434 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein A tag on RPB1 CTD 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: P9677.8, RPB6, RPO26, YPR187W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435 |
#6: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein A tag on RPB1 CTD 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB8, YOR224C, YOR50-14 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P20436 |
#8: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein A tag on RPB1 CTD 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB10, YOR210W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22139 |
#10: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein A tag on RPB1 CTD 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPB12, RPC10, YHR143BW, YHR143W-A / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40422 |
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 10分子 M
#11: タンパク質 | 分子量: 38257.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: P9513.4, SUA7, YPR086W / プラスミド: pTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: P29055 |
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#12: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.1 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 1.2 M sodium/potassium phosphate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月8日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.8→210.49 Å / Num. obs: 89990 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 9.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1R5U WITHOUT CHAIN M 解像度: 3.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 110.637 / SU ML: 0.68 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.728 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK / Bsol: 136.857 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 500 Å2 / Biso mean: 188.144 Å2 / Biso min: 36.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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