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- PDB-3jxr: X-Ray structure of r[CGCG(5-fluoro)CG]2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jxr
タイトルX-Ray structure of r[CGCG(5-fluoro)CG]2
要素r[CGCG(5-fluoro)CG]2
キーワードRNA (リボ核酸) / double helix
機能・相同性リボ核酸
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Adamiak, D.A. / Milecki, J. / Adamiak, R.W. / Rypniewski, W.
引用ジャーナル: New J.Chem. / 年: 2010
タイトル: The hydration and unusual hydrogen bonding in the crystal structure of an RNA duplex containing alternating CG base pairs
著者: Adamiak, D.A. / Milecki, J. / Adamiak, R.W. / Rypniewski, W.
履歴
登録2009年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年9月9日Group: Refinement description
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: r[CGCG(5-fluoro)CG]2
B: r[CGCG(5-fluoro)CG]2
K: r[CGCG(5-fluoro)CG]2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,7733
ポリマ－5,7733
非ポリマー00
水1,08160
1
A: r[CGCG(5-fluoro)CG]2
B: r[CGCG(5-fluoro)CG]2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8482
ポリマ－3,8482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area660 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area2410 Å2
2
K: r[CGCG(5-fluoro)CG]2

K: r[CGCG(5-fluoro)CG]2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8482
ポリマ－3,8482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555-x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/31
Buried area670 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area2410 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)41.116, 41.116, 143.285
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-33-

HOH

21A-34-

HOH

31A-35-

HOH

41A-42-

HOH

51B-25-

HOH

61B-36-

HOH

71B-51-

HOH

81K-30-

HOH

91K-38-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖 r[CGCG(5-fluoro)CG]2


分子量: 1924.195 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: This is a modification of a naturally occuring sequence
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.6M ammonium sulphate, 10mM magnesium chloride and 50mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8019 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月22日 / 詳細: Si(111)
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8019 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→25 Å / Num. all: 13169 / Num. obs: 13169 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 648 / Rsym value: 0.476 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.411 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27649 253 2 %RANDOM
Rwork0.21892 ---
all0.21992 ---
obs0.21992 12702 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20.09 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.065 Å-
Luzzati sigma a-0.062 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 381 0 60 441
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.021423
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3593651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4343381
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0210.02189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.0236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.10.239
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2780.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2510.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0690.2104
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3240.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.5880.213
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.443624
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1195651
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.9113908
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.768363
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.3083525
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.284 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.416 16 -
Rwork0.272 851 -
obs-851 100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.9326 Å / Origin y: 10.2728 Å / Origin z: 12.7173 Å
111213212223313233
T0.0184 Å2-0.0008 Å20.0023 Å2-0.0107 Å2-0.0008 Å2---0.0024 Å2
L0.353 °2-0.041 °2-0.2455 °2-0.5115 °2-0.0354 °2--0.9055 °2
S0.0571 Å °-0.0713 Å °-0.0276 Å °0.1037 Å °0.0325 Å °-0.0336 Å °-0.0822 Å °0.016 Å °-0.0895 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B7 - 60
2X-RAY DIFFRACTION1K30 - 53
3X-RAY DIFFRACTION1A7 - 59
4X-RAY DIFFRACTION1B1 - 6
5X-RAY DIFFRACTION1K1 - 6
6X-RAY DIFFRACTION1A1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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