+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j3v | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Atomic model of the immature 50S subunit from Bacillus subtilis (state I-a) | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / Ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / ribosome assembly (リボソーム) / RNA folding / YlqF | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of rRNA processing / 核様体 / rRNA processing / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity ...positive regulation of rRNA processing / 核様体 / rRNA processing / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.3 Å | ||||||
データ登録者 | Li, N. / Guo, Q. / Zhang, Y. / Yuan, Y. / Ma, C. / Lei, J. / Gao, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2013 タイトル: Cryo-EM structures of the late-stage assembly intermediates of the bacterial 50S ribosomal subunit. 著者: Ningning Li / Yuling Chen / Qiang Guo / Yixiao Zhang / Yi Yuan / Chengying Ma / Haiteng Deng / Jianlin Lei / Ning Gao / 要旨: Ribosome assembly is a process fundamental for all cellular activities. The efficiency and accuracy of the subunit assembly are tightly regulated and closely monitored. In the present work, we ...Ribosome assembly is a process fundamental for all cellular activities. The efficiency and accuracy of the subunit assembly are tightly regulated and closely monitored. In the present work, we characterized, both compositionally and structurally, a set of in vivo 50S subunit precursors (45S), isolated from a mutant bacterial strain. Our qualitative mass spectrometry data indicate that L28, L16, L33, L36 and L35 are dramatically underrepresented in the 45S particles. This protein spectrum shows interesting similarity to many qualitatively analyzed 50S precursors from different genetic background, indicating the presence of global rate-limiting steps in the late-stage assembly of 50S subunit. Our structural data reveal two major intermediate states for the 45S particles. Consistently, both states severally lack those proteins, but they also differ in the stability of the functional centers of the 50S subunit, demonstrating that they are translationally inactive. Detailed analysis indicates that the orientation of H38 accounts for the global conformational differences in these intermediate structures, and suggests that the reorientation of H38 to its native position is rate-limiting during the late-stage assembly. Especially, H38 plays an essential role in stabilizing the central protuberance, through the interaction with the 5S rRNA, and the correctly orientated H38 is likely a prerequisite for further maturation of the 50S subunit. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j3v.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3j3v.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j3v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/3j3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j3/3j3v | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
+50S ribosomal protein ... , 22種, 22分子 0256CDEFGJKLNOPQRSTUXY
-Ribosome RNA ... , 2種, 2分子 AB
#5: RNA鎖 | 分子量: 949324.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 参照: GenBank: AL009126.3 |
---|---|
#6: RNA鎖 | 分子量: 38423.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 参照: GenBank: AL009126.3 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Immature 50S subunit from YlqF-deficient Bacillus subtilis strain タイプ: RIBOSOME |
---|---|
緩衝液 | 名称: 100mM NH4Cl, 20mM Tris-HCl, 10mM MgOAc2, 1mM TCEP. / pH: 7.5 / 詳細: 100mM NH4Cl, 20mM Tris-HCl, 10mM MgOAc2, 1mM TCEP. |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 手法: Blot for 20 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2011年12月6日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | 詳細: Each particle | |||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Reference projections / 解像度: 13.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 21020 詳細: (Single particle details: This is one of the classified groups with the software RELION) (Single particle--Applied symmetry: C1) 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
| |||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
| |||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
|