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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3inf | ||||||
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タイトル | Bace1 with the aminohydantoin Compound 37 | ||||||
要素 | Beta-secretase 1Β-セクレターゼ1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Bace1 (Β-セクレターゼ1) / inhibitor (酵素阻害剤) / xray (X線) / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Aspartyl protease (アスパラギン酸プロテアーゼ) / Disulfide bond (ジスルフィド) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Membrane (生体膜) / Polymorphism / Protease (プロテアーゼ) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Zymogen (酵素前駆体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process ...Β-セクレターゼ1 / Golgi-associated vesicle lumen / signaling receptor ligand precursor processing / beta-aspartyl-peptidase activity / amyloid precursor protein catabolic process / amyloid-beta formation / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to manganese ion / prepulse inhibition / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / エンドソーム / response to lead ion / ゴルジ体 / protein processing / recycling endosome / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of neuron apoptotic process / シナプス小胞 / late endosome / amyloid-beta binding / peptidase activity / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / リソソーム / aspartic-type endopeptidase activity / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / 脂質ラフト / Amyloid fiber formation / 神経繊維 / 小胞体 / neuronal cell body / 樹状突起 / ゴルジ体 / enzyme binding / 細胞膜 / タンパク質分解 / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.852 Å | ||||||
データ登録者 | Olland, A.M. / Chopra, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010 タイトル: Design and synthesis of 5,5'-disubstituted aminohydantoins as potent and selective human beta-secretase (BACE1) inhibitors. 著者: Malamas, M.S. / Erdei, J. / Gunawan, I. / Turner, J. / Hu, Y. / Wagner, E. / Fan, K. / Chopra, R. / Olland, A. / Bard, J. / Jacobsen, S. / Magolda, R.L. / Pangalos, M. / Robichaud, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3inf.cif.gz | 92.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3inf.ent.gz | 67 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3inf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/3inf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/3inf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46440.980 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, Β-セクレターゼ1 |
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#2: 化合物 | ChemComp-X45 / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 8% PEG 3350, 100 mM NaAcetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | 日付: 2003年2月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.85 Å / Num. obs: 29651 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1W50 最高解像度: 1.852 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.549 Å2 / ksol: 0.41 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.852 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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