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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hvj | ||||||
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タイトル | Rat catechol O-methyltransferase in complex with a catechol-type, N6-propyladenine-containing bisubstrate inhibitor | ||||||
要素 | Catechol O-methyltransferaseカテコール-O-メチルトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / METHYLTRANSFERASE (メチルトランスフェラーゼ) / NEUROTRANSMITTER DEGRADATION / Alternative initiation / Catecholamine metabolism / Cell membrane (細胞膜) / Magnesium (マグネシウム) / Membrane (生体膜) / Metal-binding / Phosphoprotein / S-adenosyl-L-methionine (S-アデノシルメチオニン) / Signal-anchor / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / メチル化 / norepinephrine secretion / response to dopamine / 咀嚼 / catecholamine catabolic process / catechol-containing compound metabolic process / S-adenosylhomocysteine metabolic process ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / メチル化 / norepinephrine secretion / response to dopamine / 咀嚼 / catecholamine catabolic process / catechol-containing compound metabolic process / S-adenosylhomocysteine metabolic process / response to salt / catechol O-methyltransferase activity / renal sodium excretion / : / : / renin secretion into blood stream / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ / 発生生物学 / renal filtration / renal albumin absorption / dopamine secretion / S-adenosylmethionine metabolic process / negative regulation of dopamine metabolic process / 馴化 / artery development / catecholamine metabolic process / short-term memory / cellular response to phosphate starvation / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / norepinephrine metabolic process / glomerulus development / fear response / multicellular organismal reproductive process / synaptic transmission, dopaminergic / response to angiotensin / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / response to food / exploration behavior / cholesterol efflux / response to temperature stimulus / response to pain / dopamine metabolic process / response to corticosterone / prostaglandin metabolic process / glycogen metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / response to inorganic substance / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to amphetamine / response to organic substance / kidney development / 学習 / female pregnancy / response to cytokine / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / multicellular organism growth / visual learning / response to organic cyclic compound / 記憶 / response to toxic substance / 認識 / 血圧 / response to wounding / response to estrogen / cell body / 遺伝子発現 / メチル化 / postsynapse / postsynaptic membrane / response to oxidative stress / vesicle / response to lipopolysaccharide / 樹状突起スパイン / response to hypoxia / learning or memory / response to xenobiotic stimulus / 神経繊維 / 樹状突起 / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å | ||||||
データ登録者 | Ehler, A. / Schlatter, D. / Stihle, M. / Benz, J. / Rudolph, M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009 タイトル: Molecular recognition at the active site of catechol-o-methyltransferase: energetically favorable replacement of a water molecule imported by a bisubstrate inhibitor. 著者: Ellermann, M. / Jakob-Roetne, R. / Lerner, C. / Borroni, E. / Schlatter, D. / Roth, D. / Ehler, A. / Rudolph, M.G. / Diederich, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hvj.cif.gz | 110.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hvj.ent.gz | 83.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hvj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/3hvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hv/3hvj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 24772.400 Da / 分子数: 2 / 断片: SOLUBLE FORM, UNP RESIDUES 44-264 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 組織: LIVER肝臓 / プラスミド: pDS56/RBSII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21(de3) 参照: UniProt: P22734, カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 412分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 化合物 | ChemComp-BTB / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 25% PEG 8000, 0.1M BT pH 5.5, 0.1M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0075 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→45.04 Å / Num. obs: 42379 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.82 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 867 / Rsym value: 0.529 / % possible all: 62.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→45.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.108 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.328 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.79→45.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.791→1.837 Å / Total num. of bins used: 20
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