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- PDB-3hag: Crystal structure of the Hepatitis E Virus-like Particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hag
タイトルCrystal structure of the Hepatitis E Virus-like Particle
要素Capsid proteinカプシド
キーワードVIRUS (ウイルス) / jelly-roll beta sheets / beta barrel (Βバレル) / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / カプシド / host cell surface / host cell cytoplasm / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #190 / Hepatitis E virus structural protein 2 / Structural protein 2 nucleoplasmin-like domain / Jelly Rolls - #20 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Βバレル / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein ORF2 / カプシド
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis E virus type 4 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / Rave / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Guu, T.S.Y. / Liu, Z. / Ye, Q. / Mata, D.A. / Li, K. / Yin, C. / Zhang, J. / Tao, Y.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of the hepatitis E virus-like particle suggests mechanisms for virus assembly and receptor binding.
著者: Guu, T.S. / Liu, Z. / Ye, Q. / Mata, D.A. / Li, K. / Yin, C. / Zhang, J. / Tao, Y.J.
履歴
登録2009年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4471
ポリマ－54,4471
非ポリマー00
水0
1
A: Capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,266,79460
ポリマ－3,266,79460
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 272 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,2335
ポリマ－272,2335
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 327 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,6796
ポリマ－326,6796
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein
x 20


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.09 MDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,088,93120
ポリマ－1,088,93120
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation19
単位格子
Length a, b, c (Å)241.092, 241.092, 519.861
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.41774022, -0.62980264, 0.65486009), (0.88171676, 0.45493963, -0.12492192), (-0.21924566, 0.62958602, 0.74535413)
3generate(-0.52437588, -0.13732532, 0.84034023), (0.79684504, -0.42698657, 0.42745812), (0.30011316, 0.89376967, 0.33332846)
4generate(-0.52437588, 0.79684505, 0.30011317), (-0.13732532, -0.42698657, 0.89376967), (0.84034022, 0.42745813, 0.33332845)
5generate(0.41774023, 0.88171676, -0.21924566), (-0.62980264, 0.45493963, 0.62958603), (0.65486009, -0.12492191, 0.74535413)
6generate(-0.99625286, 0.07058442, 0.04998077), (0.07058442, 0.32959033, 0.94148184), (0.04998077, 0.94148184, -0.33333747)
7generate(-0.36489749, 0.69102152, -0.62397041), (0.11367546, 0.69823326, 0.70678724), (0.92408209, 0.18697477, -0.33333577)
8generate(0.5936557, 0.15134344, -0.79035946), (0.50817075, 0.69104425, 0.51402368), (0.62396746, -0.70679064, 0.33333404)
9generate(0.55471879, -0.80263307, -0.21924238), (0.7088912, 0.31795826, 0.62958384), (-0.43561489, -0.50466098, 0.74535694)
10generate(-0.42789874, -0.85254489, 0.30011645), (0.43844797, 0.09456746, 0.89376752), (-0.79035818, 0.51402744, 0.33333128)
11generate(-0.06299687, -0.60939589, 0.79035944), (-0.60939589, -0.60366904, -0.51402368), (0.79035944, -0.51402367, -0.33333409)
12generate(-0.73691377, 0.26003651, 0.62397045), (-0.67413683, -0.21445596, -0.70678722), (-0.04997631, -0.94148269, 0.33333574)
13generate(-0.21536278, 0.97525422, -0.04998073), (-0.31574345, -0.11797472, -0.94148183), (-0.92408059, -0.18697906, 0.3333375)
14generate(0.78089035, 0.54785068, -0.30011646), (-0.02950322, -0.44755912, -0.89376753), (-0.623971, 0.70678884, -0.33333123)
15generate(0.87505767, -0.43151695, 0.21924233), (-0.21099041, -0.74773472, -0.62958386), (0.43561121, 0.50466415, -0.74535694)
16generate(0.05924973, 0.53881147, -0.84034021), (0.53881147, -0.72592129, -0.42745817), (-0.84034021, -0.42745816, -0.33332844)
17generate(0.68407104, -0.32125539, -0.65486013), (-0.3212554, -0.93871694, 0.1249219), (-0.65486012, 0.12492189, -0.7453541)
18generate(0.14608296, -0.98927234, -4.0E-8), (-0.98927234, -0.14608296, 4.0E-8), (-3.0E-8, 3.0E-8, -1)
19generate(-0.81123327, -0.54206266, 0.21924567), (-0.54206265, 0.55658742, -0.62958599), (0.21924567, -0.62958599, -0.74535416)
20generate(-0.86489916, 0.40234507, -0.30011312), (0.40234508, 0.19822763, -0.89376968), (-0.30011312, -0.89376968, -0.33332847)

-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein / カプシド


分子量: 54446.559 Da / 分子数: 1 / 断片: Hepatitis Capsid Protein 110-608 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis E virus type 4 (ウイルス)
株: China/T1 / プラスミド: pFastbac 1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF21 / 参照: UniProt: Q8JVV3, UniProt: Q9IVZ8*PLUS
配列の詳細THESE CONFLICTS ARE DUE TO DIFFERENT STRAINS.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.5M Lithium Sulfate Monohydrate 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 214104 / Num. obs: 202478 / % possible obs: 94.6 %
反射 シェル最高解像度: 3.5 Å / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
RAVEモデル構築
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: Rave
開始モデル: 14A EM-map

解像度: 3.5→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.286 8043 random
Rwork0.2767 --
all-214104 -
obs-202478 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.444 Å20 Å20 Å2
2--4.444 Å20 Å2
3----8.887 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3589 0 0 0 3589
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.47054
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008943
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.66 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3531 1010
Rwork0.3418 -
obs-24118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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