PDB-3gyr: Structure of Phenoxazinone synthase from Streptomyces antibioticu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gyr

タイトル

Structure of Phenoxazinone synthase from Streptomyces antibioticus reveals a new type 2 copper center.

要素

Phenoxazinone synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

METALLOPROTEIN (金属タンパク質) /

LACCASE (ラッカーゼ) /

MULTICOPPER OXIDASE /

HEXAMER (オリゴマー) / Antibiotic biosynthesis / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

O-アミノフェノールオキシダーゼ /

o-aminophenol oxidase activity / antibiotic biosynthetic process / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces antibioticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Smith, A.W. / Camara-Artigas, A. / Wang, M. / Francisco, W.A. / Allen, J.P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structure of Phenoxazinone Synthase from Streptomyces Antibioticus Reveals a New Type 2 Copper Center.
著者: Smith, A.W. / Camara-Artigas, A. / Wang, M. / Allen, J.P. / Francisco, W.A.

履歴

登録	2009年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2009年4月28日	ID: 2G23
改定 1.0	2009年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年4月4日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.4	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gyr.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gyr.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gyr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/3gyr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/3gyr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1gskS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3w1i-d 3w1j-d 3jqo-d 3zbi-d 1gvh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phenoxazinone synthase

B: Phenoxazinone synthase

C: Phenoxazinone synthase

D: Phenoxazinone synthase

E: Phenoxazinone synthase

F: Phenoxazinone synthase

G: Phenoxazinone synthase

H: Phenoxazinone synthase

I: Phenoxazinone synthase

J: Phenoxazinone synthase

K: Phenoxazinone synthase

L: Phenoxazinone synthase

ヘテロ分子

810 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phenoxazinone synthase

B: Phenoxazinone synthase

C: Phenoxazinone synthase

D: Phenoxazinone synthase

E: Phenoxazinone synthase

F: Phenoxazinone synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
405 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Phenoxazinone synthase

H: Phenoxazinone synthase

I: Phenoxazinone synthase

J: Phenoxazinone synthase

K: Phenoxazinone synthase

L: Phenoxazinone synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
405 kDa, 6 ポリマー
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3

F: Phenoxazinone synthase

J: Phenoxazinone synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Phenoxazinone synthase

K: Phenoxazinone synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 2 ポリマー
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5

A: Phenoxazinone synthase

I: Phenoxazinone synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 2 ポリマー
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6

B: Phenoxazinone synthase

H: Phenoxazinone synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 2 ポリマー
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7

C: Phenoxazinone synthase

G: Phenoxazinone synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 2 ポリマー
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8

D: Phenoxazinone synthase

L: Phenoxazinone synthase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
135 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	109.494, 163.456, 164.352
Angle α, β, γ (deg.)	117.04, 95.74, 107.23
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	3 - 1005
2	1	1	5	B	3 - 1005
3	1	1	5	C	3 - 1005
4	1	1	5	D	3 - 1005
5	1	1	5	E	3 - 1005
6	1	1	5	F	3 - 1005
7	1	1	5	G	3 - 1005
8	1	1	5	H	3 - 1005
9	1	1	5	I	3 - 1005
10	1	1	5	J	3 - 1005
11	1	1	5	K	3 - 1005
12	1	1	5	L	3 - 1005

#1: タンパク質	Phenoxazinone synthase / PHS 分子量: 67094.086 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces antibioticus (バクテリア) 遺伝子: phsA / 発現宿主: STREPTOMYCES LIVIDANS (スナパリシン) / 参照: UniProt: Q53692, 酸化還元酵素
#2: 化合物	... ChemComp-CU / COPPER (II) ION / 銅分子量: 63.546 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-C2O / CU-O-CU LINKAGE / 酸化銅(I) / 酸化銅(I) 分子量: 143.091 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu₂O
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 4377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.46 %
結晶化	温度: 278 K / pH: 5 詳細: PEG 4000, SODIUM CITRATE, 2- PROPANOL, GLYCEROL, PH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 288K, PH 5.00, temperature 278K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月22日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→55.4 Å / Num. obs: 357511 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 36.49 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.41 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / R_sym value: 0.28 / % possible all: 72.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0072	精密化
CNS		精密化
CrystalClear		データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GSK

1gsk

解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 12.531 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.228 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22237	17920	5 %	RANDOM
R_work	0.16453	-	-	-
obs	0.16743	339025	86.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.202 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	-0.02 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.03 Å²	0.15 Å²
3-	-	-	0.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	54720	0	144	4377	59241

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	56448
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.585	1.966	77148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.089	5	7020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.007	23.108	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.281	15	8280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.079	15	516
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	8196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.022	44916
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.982	2	35160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.034	3	56952
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.402	2	21288
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.402	3	20196
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	2348	medium positional	0.2	0.5
B	2348	medium positional	0.15	0.5
C	2348	medium positional	0.15	0.5
D	2348	medium positional	0.25	0.5
E	2348	medium positional	0.17	0.5
F	2348	medium positional	0.14	0.5
G	2348	medium positional	0.15	0.5
H	2348	medium positional	0.17	0.5
I	2348	medium positional	0.21	0.5
J	2348	medium positional	0.17	0.5
K	2348	medium positional	0.14	0.5
L	2348	medium positional	0.15	0.5
A	2218	loose positional	0.38	5
B	2218	loose positional	0.37	5
C	2218	loose positional	0.35	5
D	2218	loose positional	0.48	5
E	2218	loose positional	0.43	5
F	2218	loose positional	0.39	5
G	2218	loose positional	0.35	5
H	2218	loose positional	0.38	5
I	2218	loose positional	0.53	5
J	2218	loose positional	0.38	5
K	2218	loose positional	0.4	5
L	2218	loose positional	0.37	5
A	2348	medium thermal	3.11	2
B	2348	medium thermal	2.3	2
C	2348	medium thermal	2.87	2
D	2348	medium thermal	4	2
E	2348	medium thermal	2.37	2
F	2348	medium thermal	2.15	2
G	2348	medium thermal	2.22	2
H	2348	medium thermal	2.93	2
I	2348	medium thermal	4.14	2
J	2348	medium thermal	3.39	2
K	2348	medium thermal	2.47	2
L	2348	medium thermal	2.5	2
A	2218	loose thermal	3.23	10
B	2218	loose thermal	2.56	10
C	2218	loose thermal	2.98	10
D	2218	loose thermal	3.82	10
E	2218	loose thermal	2.69	10
F	2218	loose thermal	2.55	10
G	2218	loose thermal	2.6	10
H	2218	loose thermal	2.96	10
I	2218	loose thermal	4.03	10
J	2218	loose thermal	3.51	10
K	2218	loose thermal	2.82	10
L	2218	loose thermal	2.68	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	1179	-
R_work	0.256	20417	-
obs	-	-	71.35 %

精密化 TLS

L11: 0 °² / L12: 0 °² / L13: 0 °² / L22: 0 °² / L23: 0 °² / L33: 0 °² / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å² / T12: 0 Å² / T13: 0 Å² / T22: 0 Å² / T23: 0 Å² / T33: 0 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.6581	-43.4537	34.9318
2	-0.5185	8.2022	55.0949
3	-0.7333	51.5114	20.6155
4	-0.8814	43.4871	-34.3611
5	-0.7448	-8.1566	-54.2366
6	-0.7449	-51.4022	-19.7927
7	44.0977	51.6293	20.2105
8	44.346	8.3303	55.0513
9	44.2907	-43.3341	34.9134
10	44.1194	-51.5163	-19.8062
11	44.0846	-8.3659	-54.2964
12	44.0292	43.3267	-34.4656

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	37 - 628
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	37 - 628
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	37 - 628
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	37 - 628
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	37 - 628
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	37 - 628
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	37 - 628
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	37 - 628
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	37 - 628
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	37 - 628
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	37 - 628
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	37 - 628

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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