ソフトウェア 名称 分類 CrystalClearデータ収集 CNS精密化 CrystalClearデータ削減 d*TREKデータスケーリング CNS位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換 / 解像度 : 1.95→19.98 Å / Rfactor Rfree error : 0.008 / Data cutoff high absF : 768357.28 / Data cutoff low absF : 0 / Isotropic thermal model : RESTRAINED / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / 詳細 : BULK SOLVENT MODEL USEDRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.268 1020 7.5 % RANDOM Rwork 0.218 - - - obs 0.218 13630 95.2 % -
溶媒の処理 溶媒モデル : FLAT MODEL / Bsol : 65.8257 Å2 / ksol : 0.45 e/Å3 原子変位パラメータ Biso mean : 39.8 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.87 Å2 0 Å2 4.26 Å2 2- - -1.81 Å2 0 Å2 3- - - 0.94 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.39 Å 0.29 Å Luzzati d res low - 5 Å Luzzati sigma a 0.26 Å 0.26 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.95→19.98 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 1422 92 202 1716
拘束条件 大きな表を表示 (3 x 19) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal X-RAY DIFFRACTION c_bond_d0.013 X-RAY DIFFRACTION c_bond_d_naX-RAY DIFFRACTION c_bond_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_dX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg1.6 X-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_naX-RAY DIFFRACTION c_angle_deg_protX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d20.7 X-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_dihedral_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d1.9 X-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_naX-RAY DIFFRACTION c_improper_angle_d_protX-RAY DIFFRACTION c_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION c_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION c_scbond_itX-RAY DIFFRACTION c_scangle_it
LS精密化 シェル 解像度 : 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error : 0.029 / Total num. of bins used : 6 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.35 144 7.2 % Rwork 0.312 1858 - obs - - 85.4 %
Xplor file Refine-ID Serial no Param file Topol file X-RAY DIFFRACTION 1 cohex_rep.paramwater_rep.topX-RAY DIFFRACTION 2 dna-rna_rep_revise.param dna-rna_rep_revise.top X-RAY DIFFRACTION 3 2FA.paramacetate.paramX-RAY DIFFRACTION 4 water_rep.paramcohex_rep.topX-RAY DIFFRACTION 5 acetate.param2FA.top