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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3gjb | ||||||
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タイトル | CytC3 with Fe(II) and alpha-ketoglutarate | ||||||
要素 | CytC3 | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / CytC3 / halogenase / beta barrel (Βバレル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Wong, C. / Drennan, C.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009 タイトル: Structural analysis of an open active site conformation of nonheme iron halogenase CytC3 著者: Wong, C. / Fujimori, D.G. / Walsh, C.T. / Drennan, C.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3gjb.cif.gz | 125.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3gjb.ent.gz | 97 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3gjb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/3gjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gj/3gjb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36484.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: pSPHE02 / 遺伝子: cytC3 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D0VX22*PLUS |
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-非ポリマー , 5種, 232分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 7 詳細: 2.8 M sodium acetate trihydrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月1日 / 詳細: INTER-IMAGE DEAD TIME 5S |
放射 | モノクロメーター: SIDE SCATTERING BENT CUBE- ROOT I-BEAM SINGLE CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 50583 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.082 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / % possible all: 81.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→44.49 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 62.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.04 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.49 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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