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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3g46 | ||||||
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タイトル | Ligand migration and cavities within scapharca dimeric hemoglobin: wild type with co bound to heme and chloroform bound to the XE4 cavity | ||||||
要素 | Globin-1グロビン | ||||||
キーワード | OXYGEN BINDING (酸素) / OXYGEN TRANSPORT (血液) / ALLOSTERY (アロステリック効果) / OXYGEN AFFINITY / CYTOPLASM (細胞質) / HEME (ヘム) / IRON (鉄) / METAL-BINDING / OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Scapharca inaequivalvis (フネガイ科) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.91 Å | ||||||
データ登録者 | Knapp, J.E. / Pahl, R. / Cohen, J. / Nichols, J.C. / Schulten, K. / Gibson, Q.H. / Srajer, V. / Royer Jr., W.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2009 タイトル: Ligand migration and cavities within Scapharca Dimeric HbI: studies by time-resolved crystallo-graphy, Xe binding, and computational analysis. 著者: Knapp, J.E. / Pahl, R. / Cohen, J. / Nichols, J.C. / Schulten, K. / Gibson, Q.H. / Srajer, V. / Royer, W.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3g46.cif.gz | 155 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3g46.ent.gz | 121.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3g46.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/3g46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/3g46 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS GIVEN BELOW. BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN. APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15967.304 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Scapharca inaequivalvis (フネガイ科) 遺伝子: HBI / プラスミド: PCS-26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): W3110LACIQL8 / 参照: UniProt: P02213 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-XE / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 1.5-2.5M PHOSPHATE BUFFER, PH 7.50, SMALL TUBES, TEMPERATURE 298K, Microbatch, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.91→46.3 Å / Num. all: 205646 / Num. obs: 160199 / % possible obs: 77.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 0.91→1.01 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.189 / % possible all: 59.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3SDH 解像度: 0.91→46.3 Å / Num. parameters: 26633 / Num. restraintsaints: 33906 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.155 Å / Num. disordered residues: 34 / Occupancy sum hydrogen: 2315.44 / Occupancy sum non hydrogen: 2761.87 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.91→46.3 Å
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拘束条件 |
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