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- PDB-3g40: Crystal structure of the cytoplasmic domain of a prokaryotic cati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g40
タイトルCrystal structure of the cytoplasmic domain of a prokaryotic cation chloride cotransporter
要素Na-K-Cl cotransporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / alpha/beta fold 10-stranded twisted beta sheet
機能・相同性Amino acid permease/ SLC12A domain / Amino acid permease / transmembrane transport / membrane => GO:0016020 / identical protein binding / Na-K-Cl cotransporter
機能・相同性情報
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Warmuth, S. / Zimmermann, I. / Dutzler, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: X-ray Structure of the C-Terminal Domain of a Prokaryotic Cation-Chloride Cotransporter
著者: Warmuth, S. / Zimmermann, I. / Dutzler, R.
履歴
登録2009年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na-K-Cl cotransporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2451
ポリマ－33,2451
非ポリマー00
水2,324129
1
A: Na-K-Cl cotransporter

A: Na-K-Cl cotransporter


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,4902
ポリマ－66,4902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.045, 68.045, 137.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-311-

HOH

21A-393-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Na-K-Cl cotransporter


分子量: 33244.980 Da / 分子数: 1 / 断片: MaCCC C-terminal domain, UNP residues 492-758' / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
株: C2A / 遺伝子: MA4506 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8THK8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 1.1M MgSO4, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.964 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月23日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 29560 / Num. obs: 28259 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 6.39 / Observed criterion σ(I): 6.39 / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1087 / Rsym value: 0.383 / % possible all: 74.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化解像度: 1.9→9.907 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.809 / SU ML: 0.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 2819 9.99 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.202 28226 95.9 %-
all-29433 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 79.229 Å2 / ksol: 0.421 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 264.03 Å2 / Biso mean: 55.693 Å2 / Biso min: 25.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.557 Å2-0 Å2-0 Å2
2--7.557 Å2-0 Å2
3----15.202 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→9.907 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2049 0 0 129 2178
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072089
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0582819
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076317
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004361
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.901784
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.9330.3531150.339958107374
1.933-1.9670.266990.2441072117181
1.967-2.0050.2721170.2321150126787
2.005-2.0460.271450.2161210135595
2.046-2.090.2331450.2131252139798
2.09-2.1380.2461430.19813291472100
2.138-2.1910.2281480.19113161464100
2.191-2.2490.2321460.19512971443100
2.249-2.3150.2351570.19613001457100
2.315-2.3880.2251470.18713051452100
2.388-2.4720.2441510.213061457100
2.472-2.570.2631450.19713241469100
2.57-2.6840.2971430.213311474100
2.684-2.8230.2471420.21413351477100
2.823-2.9950.2591540.21113061460100
2.995-3.2190.2461590.20313291488100
3.219-3.530.2261430.17713291472100
3.53-4.010.2011510.1713701521100
4.01-4.9460.1931510.1621308145996
4.946-9.9070.2151180.2341280139888
精密化 TLS手法: refined / 詳細: all / Origin x: -4.8183 Å / Origin y: 41.9711 Å / Origin z: 45.7529 Å
111213212223313233
T0.3546 Å2-0.1002 Å20.0416 Å2-0.278 Å2-0.0477 Å2--0.3335 Å2
L0.956 °2-0.0452 °2-0.5649 °2-0.8252 °2-0.5607 °2--2.8532 °2
S0.1709 Å °-0.0408 Å °0.13 Å °0.1784 Å °-0.0449 Å °-0.0065 Å °-0.4032 Å °0.2602 Å °-0.0024 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A 19-287

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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