PDB-3fvo: Crystal structure of the human glutamate receptor, GluR5, ligand-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3fvo

タイトル

Crystal structure of the human glutamate receptor, GluR5, ligand-binding core in complex with 8-epi-neodysiherbaine A in space group P1

要素

Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

グルタミン酸受容体

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) /

glutamate receptor (グルタミン酸受容体) / ligand-binding domain / 8-epi-neodysiherbaine

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of Na-permeable kainate receptors / kainate selective glutamate receptor complex / glutamate receptor signaling pathway / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / kainate selective glutamate receptor activity /

regulation of synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential /

synaptic transmission, glutamatergic /

central nervous system development / postsynaptic density membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Unno, M. / Sasaki, M. / Ikeda-Saito, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Human GluR5 Ligand-Binding Core in Complexes with Novel Marine-Derived Toxins, Dysiherbaine and Neodysiherbaine A, and Their Analogues
著者: Unno, M. / Shinohara, M. / Takayama, K. / Teruya, K. / Doh-ura, K. / Sakai, R. / Sasaki, M. / Ikeda-Saito, M.

履歴

登録	2009年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年8月16日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software / Item: _software.classification
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3fvo.cif.gz	230.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3fvo.ent.gz	182 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3fvo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/3fvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/3fvo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2zntS 2zns 2znu 3fuz 3fv1 3fv2 3fvg 3fvk 3fvn S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3fuz-1 3fvk-1 3fv1-2 3fvn-1 3fuz-2 3gba-1 3fv2-1 3fvg-2 5neb-1 4wnm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (9) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

60.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glutamate receptor, ionotropic kainate 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
30.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.717, 50.756, 63.290
Angle α, β, γ (deg.)	94.19, 95.90, 117.95
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Glutamate receptor, ionotropic kainate 1 / グルタミン酸受容体 / Glutamate receptor 5 / GluR-5 / GluR5 / Excitatory amino acid receptor 3 / EAA3 分子量: 29093.441 Da / 分子数: 2 断片: ligand-binding domain, UNP residues 445-559, 682-820 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 属: GRIK1, GLUR5 / プラスミド: pCold-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39086
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-8EP / (2R,3aR,6R,7S,7aR)-2-[(2S)-2-amino-3-hydroxy-3-oxo-propyl]-6,7-dihydroxy-3,3a,5,6,7,7a-hexahydrofuro[4,5-b]pyran-2-carboxylic acid / 3-[(2R,3aα,7aα)-2-カルボキシ-6β,7α-ジヒドロキシヘキサヒドロ-2H-フロ[3,2-b]ピラン-(以下略) 分子量: 291.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₇NO₈
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.35 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 35% PEG3350, 0.3M LiSO4, 5mM 8-epi-neodysiherbaine, pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 79930 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 29.3
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.11 / Num. unique all: 7800 / R_sym value: 0.135 / % possible all: 95.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CNS		精密化
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ZNT

2znt

解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 2.101 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19119	4013	5 %	RANDOM
R_work	0.16485	-	-	-
obs	0.16619	75913	96.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.926 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0.08 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0.05 Å²
3-	-	-	0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4197	0	128	510	4835

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	4406
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.255	2.005	5960
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.425	5	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.082	24.286	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.758	15	830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.667	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	3076
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	467
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.168	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.101	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.711	1.5	2679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.06	2	4230
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.682	3	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.499	4.5	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	278	-
R_work	0.173	5449	-
obs	-	-	92.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4401	0.0744	-0.0111	0.8426	-0.0984	0.6237	-0.0369	-0.0332	0.002	-0.0107	0.0168	0.0112	-0.0343	-0.0543	0.0201	-0.0299	0.0105	-0.0066	-0.03	-0.0002	-0.0146	-0.795	-5.144	18.724
2	0.6757	0.1408	0.052	0.9583	-0.2772	0.6498	-0.0517	0.0698	-0.0088	-0.0108	0.0204	-0.0285	0.0569	-0.0614	0.0313	-0.0236	-0.0245	-0.0062	-0.0277	-0.0047	-0.0142	-0.79	-13.714	-10.408
3	1.1388	-0.1851	0.1393	1.2707	-0.0342	0.4231	0.0028	-0.0847	-0.0291	0.0608	0.023	-0.0019	0.058	0.0769	-0.0258	-0.0209	0.0244	0.0021	-0.0167	0.0009	-0.0081	16.444	-22.022	21.68
4	0.8413	0.0257	-0.0812	1.3029	0.0042	0.6396	0.0217	0.0218	-0.0239	-0.0684	-0.0044	-0.0537	-0.0726	0.1041	-0.0174	-0.0162	-0.0348	-0.0192	-0.0164	0.0022	-0.0134	16.298	3.087	-13.552
5	0.357	-0.6654	0.579	3.9165	-0.1881	1.2357	-0.0058	0.0009	0.0299	0.0993	-0.0135	-0.175	0.0258	0.1199	0.0194	-0.0252	0.0146	0.0042	-0.0268	0.0108	-0.0046	7.631	-9.853	11.547
6	0.3483	0.7804	-0.6058	3.5758	-1.1434	1.0787	-0.0709	0.0326	-0.0683	-0.1428	0.0129	-0.1673	-0.0319	0.1514	0.058	-0.0142	-0.0193	-0.0224	-0.0302	0.0118	-0.0068	7.686	-9.3	-3.336
7	40.1224	4.3482	-0.5872	5.3438	2.1087	3.5933	0.0315	-0.7391	0.1448	-0.051	0.1918	-0.144	0.1384	0.0966	-0.2233	-0.0475	0.0172	0.0091	-0.0389	0.0004	-0.0102	7.778	-15.053	20.404
8	47.5595	-10.2744	0.919	3.118	1.8642	4.7541	0.2941	0.9907	-0.4294	0.1076	-0.2876	-0.0217	-0.1254	0.0961	-0.0066	-0.042	-0.0268	-0.0322	-0.0336	-0.0019	0.0177	7.863	-4.118	-12.155

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	415 - 517
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	750 - 790
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	415 - 517
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	750 - 790
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	522 - 746
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	522 - 746
7	X-RAY DIFFRACTION	5	A	518 - 521
8	X-RAY DIFFRACTION	5	A	747 - 749
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	518 - 521
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	747 - 749
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	1
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	2

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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