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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3fml | ||||||
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タイトル | P38 kinase crystal structure in complex with RO6224 | ||||||
要素 | Mitogen-activated protein kinase 14MAPK14 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE (転移酵素) / P38 / MAP KINASE (分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ) / SERINE/THREONINE KINASE / ATP-binding / Kinase (キナーゼ) / Nucleotide-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / DSCAM interactions / cartilage condensation ...positive regulation of cyclase activity / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / DSCAM interactions / cartilage condensation / cellular response to UV-B / Platelet sensitization by LDL / stress-activated protein kinase signaling cascade / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myoblast fusion / positive regulation of muscle cell differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / Myogenesis / glucose import / Activation of the AP-1 family of transcription factors / ERK/MAPK targets / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / Β酸化 / cellular response to lipoteichoic acid / MAP kinase kinase activity / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / regulation of ossification / MAP kinase activity / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / signal transduction in response to DNA damage / skeletal muscle tissue development / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of interleukin-12 production / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / placenta development / DNA damage checkpoint signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / cellular response to ionizing radiation / 細胞分化 / positive regulation of glucose import / response to insulin / NOD1/2 Signaling Pathway / 骨 / cell morphogenesis / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / 凝固・線溶系 / cellular response to virus / osteoblast differentiation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / 紡錘体 / positive regulation of protein import into nucleus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / 走化性 / 細胞老化 / cellular response to tumor necrosis factor / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / 血管新生 / secretory granule lumen / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to lipopolysaccharide / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / extracellular region / 核質 / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Kuglstatter, A. / Ghate, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: P38 kinase crystal structure in complex with RO6224 著者: Soth, M. / Kuglstatter, A. / Gabriel, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3fml.cif.gz | 87 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3fml.ent.gz | 64.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3fml.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/3fml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fm/3fml | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1p38 S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit of the crystal structure contains one biological unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42748.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MAPK14, MXI2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: Q16539, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-FML / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 50 mM Hepes pH 7.6, 50 mM CaCl2, 17% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 25944 / % possible obs: 88.5 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 41.9 Å2 / Rsym value: 0.062 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2407 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 83.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 1P38 1p38 解像度: 2.1→33.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 10.359 / SU ML: 0.126 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.223 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 21.3503 Å / Origin y: 17.3845 Å / Origin z: 21.6989 Å
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精密化 TLSグループ |
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