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万見
- PDB-3ez0: Crystal structure of protein of unknown function with ferritin-li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ez0
タイトルCrystal structure of protein of unknown function with ferritin-like fold (YP_832262.1) from Arthrobacter sp. FB24 at 2.33 A resolution
要素uncharacterized protein with ferritin-like fold
キーワードstructural genomics (構造ゲノミクス) / unknown function / YP_832262.1 / protein of unknown function with ferritin-like fold / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha / L(+)-TARTARIC ACID / Unknown ligand / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Arthrobacter sp. FB24 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of protein of unknown function with ferritin-like fold (YP_832262.1) from Arthrobacter sp. FB24 at 2.33 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein with ferritin-like fold
B: uncharacterized protein with ferritin-like fold
C: uncharacterized protein with ferritin-like fold
D: uncharacterized protein with ferritin-like fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,51410
ポリマ－101,3024
非ポリマー2126
水3,117173
1
A: uncharacterized protein with ferritin-like fold
B: uncharacterized protein with ferritin-like fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8636
ポリマ－50,6512
非ポリマー2124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
2
C: uncharacterized protein with ferritin-like fold
D: uncharacterized protein with ferritin-like fold


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6514
ポリマ－50,6512
非ポリマー02
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.600, 96.710, 71.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21D
12A
22C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1112BB14 - 3414 - 34
2112DD14 - 3414 - 34
1212BB46 - 14346 - 143
2212DD46 - 14346 - 143
1313BB144 - 153144 - 153
2313DD144 - 153144 - 153
1412BB156 - 182156 - 182
2412DD156 - 182156 - 182
1512BB201 - 222201 - 222
2512DD201 - 222201 - 222
1122AA14 - 3414 - 34
2122CC14 - 3414 - 34
1222AA46 - 14346 - 143
2222CC46 - 14346 - 143
1323AA144 - 153144 - 153
2323CC144 - 153144 - 153
1422AA156 - 182156 - 182
2422CC156 - 182156 - 182
1522AA201 - 222201 - 222
2522CC201 - 222201 - 222

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
uncharacterized protein with ferritin-like fold


分子量: 25325.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter sp. FB24 (バクテリア)
遺伝子: YP_832262.1, Arth_2783 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A0JYP2
#2: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸 / 酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.47
詳細: 20.0% polyethylene glycol 3350, 0.171M potassium sodium tartrate, 0.1M MES pH 6.47, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97918
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月11日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→29.54 Å / Num. obs: 35863 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.65 % / Biso Wilson estimate: 46.71 Å2 / Rmerge F obs: 0.191 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 10.67 / Num. measured all: 202485
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.33-2.411.0230.6121.8519518685565930.75596.2
2.41-2.510.7770.4662.420906734570870.57596.5
2.51-2.620.6350.367319609685166370.45396.9
2.62-2.760.460.2714.120349713569270.33497.1
2.76-2.930.3170.1845.720123700668240.22797.4
2.93-3.160.2180.1258.220747723670620.15597.6
3.16-3.480.1230.0712.620419712169730.08797.9
3.48-3.980.0650.04418.920127705568870.05497.6
3.98-50.0450.03223.420173702369150.0498.5
5-29.540.0390.02925.920514718270470.03698.1

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.33→29.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.75 / SU B: 19.064 / SU ML: 0.227 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.507 / ESU R Free: 0.279
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. L(+)-TARTARIC ACID (TLA) IS PRESENT IN CRYSTALLIZATION CONDITION. 5. UNKNOWN LIGANDS (UNL) WERE MODELED TO ACCOUNT FOR DENSITIES NEAR THE PUTATIVE ACTIVE SITES. THEY RESEMBLE 1-ACYL-GLYCERONE-3-PHOSPHATE. ANOTHER WEAK PEG-LIKE DENSITY NEARBY WAS NOT MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1786 5 %RANDOM
Rwork0.21 34056 --
obs0.213 35842 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 91.98 Å2 / Biso mean: 46.715 Å2 / Biso min: 22.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å20.18 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6583 0 98 173 6854
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0226794
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.9669170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.941311146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5925837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.16421.746315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.173151085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6971579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21021
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021547
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21691
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.24652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.23391
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.23514
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2470.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.65734315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.37131718
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.74956643
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.67982796
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.645112527
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1B1032TIGHT POSITIONAL0.040.05
1B1213MEDIUM POSITIONAL0.280.25
1B89LOOSE POSITIONAL0.61
1B1032TIGHT THERMAL0.311
1B1213MEDIUM THERMAL0.712
1B89LOOSE THERMAL1.9910
2A1056TIGHT POSITIONAL0.030.05
2A1193MEDIUM POSITIONAL0.210.25
2A89LOOSE POSITIONAL0.281
2A1056TIGHT THERMAL0.281
2A1193MEDIUM THERMAL0.722
2A89LOOSE THERMAL2.7610
LS精密化 シェル解像度: 2.33→2.39 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 145 -
Rwork0.27 2489 -
all-2634 -
obs--99.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.31370.636-0.57132.078-0.34690.7924-0.0850.16110.0978-0.22040.0841-0.16250.04960.06570.0009-0.1066-0.0410.0331-0.0662-0.0007-0.10194.715983.5564.6258
22.3319-0.51540.16731.9836-0.80511.9178-0.1551-0.16540.20870.24890.077-0.2414-0.25590.09170.0781-0.06670.0047-0.045-0.0811-0.0537-0.05324.936282.613497.2549
32.2434-0.39691.06871.4461-0.17952.452-0.0911-0.69240.07720.18670.12660.02080.0003-0.5677-0.0355-0.13180.03060.01250.1667-0.0121-0.1418-15.755882.18339.7377
41.32910.49720.00882.510.26890.8141-0.08570.11680.0305-0.27640.07320.1145-0.0416-0.16360.0126-0.0746-0.0077-0.0137-0.07290.0342-0.113-16.53182.71347.9384
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 223
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 223
3X-RAY DIFFRACTION3C11 - 223
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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