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万見
- PDB-3dhw: Crystal structure of methionine importer MetNI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dhw
タイトルCrystal structure of methionine importer MetNI
要素
  • D-methionine transport system permease protein metI
  • Methionine import ATP-binding protein metN
キーワードMEMBRANE PROTEIN/HYDROLASE (生体膜) / ABC-transporter / Methionine uptake transporter / membrane protein (膜タンパク質) / Amino-acid transport / Inner membrane / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / ATP-binding / Hydrolase (加水分解酵素) / Nucleotide-binding / MEMBRANE PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX (生体膜)
機能・相同性
機能・相同性情報


L-methionine transmembrane transporter activity / ABC-type D-methionine transporter activity / methionine import across plasma membrane / methionine-importing ABC transporter complex / ABC-type methionine transporter / D-methionine transmembrane transport / Gram-negative-bacterium-type cell wall / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / 代謝 ...L-methionine transmembrane transporter activity / ABC-type D-methionine transporter activity / methionine import across plasma membrane / methionine-importing ABC transporter complex / ABC-type methionine transporter / D-methionine transmembrane transport / Gram-negative-bacterium-type cell wall / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / 代謝 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ABC transporter, methionine import, ATP-binding protein MetN, proteobacteria / NIL domain / NIL domain / Methionine import ATP-binding protein metN family profile. / NIL / Methionine import ATP-binding protein MetN, ATP-binding domain / MetI-like fold / MetI-like / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily ...ABC transporter, methionine import, ATP-binding protein MetN, proteobacteria / NIL domain / NIL domain / Methionine import ATP-binding protein metN family profile. / NIL / Methionine import ATP-binding protein MetN, ATP-binding domain / MetI-like fold / MetI-like / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Alpha-Beta Plaits / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionine import ATP-binding protein MetN / D-methionine transport system permease protein MetI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Rees, D.C. / Kaiser, J.T. / Kadaba, N.S. / Johnson, E. / Lee, A.T.
引用ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: The high-affinity E. coli methionine ABC transporter: structure and allosteric regulation.
著者: Kadaba, N.S. / Kaiser, J.T. / Johnson, E. / Lee, A. / Rees, D.C.
履歴
登録2008年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-methionine transport system permease protein metI
B: D-methionine transport system permease protein metI
C: Methionine import ATP-binding protein metN
D: Methionine import ATP-binding protein metN
E: D-methionine transport system permease protein metI
F: D-methionine transport system permease protein metI
G: Methionine import ATP-binding protein metN
H: Methionine import ATP-binding protein metN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,4058
ポリマ－244,4058
非ポリマー00
水0
1
A: D-methionine transport system permease protein metI
B: D-methionine transport system permease protein metI
C: Methionine import ATP-binding protein metN
D: Methionine import ATP-binding protein metN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,2024
ポリマ－122,2024
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8920 Å2
ΔGint-58.2 kcal/mol
Surface area52240 Å2
手法PISA
2
E: D-methionine transport system permease protein metI
F: D-methionine transport system permease protein metI
G: Methionine import ATP-binding protein metN
H: Methionine import ATP-binding protein metN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,2024
ポリマ－122,2024
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9960 Å2
ΔGint-60.5 kcal/mol
Surface area52070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.700, 165.400, 289.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Authors state that there are two full transporters per asymmetric unit corresponding to chains A,B,C,D and E,F,G,H, respectively.

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要素

#1: タンパク質
D-methionine transport system permease protein metI


分子量: 23269.947 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: metI, yaeE, b0198, JW0194 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31547
#2: タンパク質
Methionine import ATP-binding protein metN


分子量: 37831.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: metN, abc, b0199, JW0195 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P30750, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.25 %

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-111
シンクロトロンSSRL BL9-221.5
検出器
タイプID検出器
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.51
反射解像度: 3.7→39.9 Å / Num. obs: 50639

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.7→39.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 16743703.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.347 5070 10 %RANDOM
Rwork0.31 ---
obs0.31 50639 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 104.023 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 179.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.03 Å20 Å20 Å2
2--70.35 Å20 Å2
3----45.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.71 Å0.63 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.4 Å1.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16688 0 0 0 16688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.14
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.7→3.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.474 823 9.8 %
Rwork0.455 7540 -
obs--100 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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