PDB-3csl: Structure of the Serratia marcescens hemophore receptor HasR in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3csl

タイトル

Structure of the Serratia marcescens hemophore receptor HasR in complex with its hemophore HasA and heme

要素

HasR protein
Hemophore HasA

キーワード

MEMBRANE PROTEIN/HEME BINDING PROTEIN (生体膜) /

outer membrane protein /

beta-barrel (Βバレル) / hemophore receptor / TonB box /

Heme (ヘム) /

Iron (鉄) / Metal-binding /

Secreted (分泌) /

MEMBRANE PROTEIN-HEME BINDING PROTEIN COMPLEX (生体膜)

機能・相同性

機能・相同性情報

heme transmembrane transporter activity / cell outer membrane / extracellular region /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Serratia marcescens (霊菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Krieg, S. / Diederichs, K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Heme uptake across the outer membrane as revealed by crystal structures of the receptor-hemophore complex.
著者: Krieg, S. / Huche, F. / Diederichs, K. / Izadi-Pruneyre, N. / Lecroisey, A. / Wandersman, C. / Delepelaire, P. / Welte, W.

履歴

登録	2008年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2012年3月21日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3csl.cif.gz	731.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3csl.ent.gz	631.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3csl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/3csl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/3csl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3csnC 3ddrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ddr-1 3ddr-2 3csn-1 3csn-2 2xal-d 2xar-d 2r47-d 2xam-d 6lzg-d 5ydj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (3)

登録構造単位

A: HasR protein

B: HasR protein

C: Hemophore HasA

D: Hemophore HasA

ヘテロ分子

235 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HasR protein

C: Hemophore HasA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HasR protein

D: Hemophore HasA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.020, 163.400, 595.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

#1: タンパク質	HasR protein 分子量: 94954.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: hasR / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MC4100 / 参照: UniProt: Q79AD2
#2: タンパク質	Hemophore HasA / Heme acquisition system protein A 分子量: 21523.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Serratia marcescens (霊菌) / 遺伝子: hasA / プラスミド: pQE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q54450
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THERE IS AN ERROR IN THE DATABASE SEQUENCE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2 M NaCl, 100 mM Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID29	1	1
シンクロトロン	SLS	X06SA	2	0.97152,0.97897,0.97921

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2006年4月29日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2006年11月24日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111)monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2			M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.97152	1
3	0.97897	1
4	0.97921	1

反射

解像度: 2.56→49.174 Å / Num. obs: 111662 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.03 % / B_iso Wilson estimate: 48.146 Å² / R_merge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 10.21

反射シェル

解像度: 2.56→2.71 Å / 冗長度: 2.81 % / R_merge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / % possible all: 63.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.7→49.174 Å / SU ML: 0.43 / Isotropic thermal model: isotropic and tls / 位相誤差: 29.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2739	4959	4.99 %
R_work	0.2389	-	-
obs	0.2406	99334	95.03 %
all	-	99334	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.003 Å² / k_sol: 0.314 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-19.117 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-12.415 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.215 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 1.32 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→49.174 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14146	0	128	43	14317

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	14637
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.535	19881
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.636	5094
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.037	2082
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	2632

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7-2.731	0.384	104	0.349	2329	2433	71
2.731-2.763	0.366	142	0.342	2463	2605	75
2.763-2.796	0.413	132	0.349	2486	2618	77
2.796-2.832	0.37	129	0.356	2697	2826	80
2.832-2.869	0.394	144	0.345	2666	2810	83
2.869-2.908	0.352	133	0.35	2922	3055	87
2.908-2.95	0.403	165	0.353	2979	3144	92
2.95-2.994	0.373	160	0.34	3118	3278	94
2.994-3.041	0.353	174	0.346	3172	3346	97
3.041-3.091	0.411	162	0.321	3222	3384	98
3.091-3.144	0.36	179	0.298	3285	3464	99
3.144-3.201	0.343	172	0.299	3221	3393	99
3.201-3.263	0.308	195	0.285	3268	3463	100
3.263-3.329	0.325	170	0.284	3335	3505	100
3.329-3.402	0.328	189	0.278	3234	3423	100
3.402-3.481	0.289	176	0.262	3283	3459	100
3.481-3.568	0.295	172	0.242	3314	3486	100
3.568-3.664	0.291	170	0.232	3301	3471	100
3.664-3.772	0.267	171	0.227	3314	3485	100
3.772-3.894	0.255	164	0.219	3312	3476	100
3.894-4.033	0.273	178	0.222	3287	3465	100
4.033-4.194	0.262	158	0.2	3340	3498	100
4.194-4.385	0.231	190	0.186	3285	3475	100
4.385-4.616	0.17	165	0.168	3320	3485	100
4.616-4.905	0.193	184	0.16	3336	3520	100
4.905-5.283	0.186	193	0.165	3298	3491	100
5.283-5.814	0.185	187	0.167	3334	3521	100
5.814-6.654	0.184	164	0.176	3387	3551	100
6.654-8.376	0.225	174	0.182	3377	3551	100
8.376-49.182	0.261	163	0.235	3490	3653	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.676	-0.6641	-0.5917	-0.1763	-0.9211	0.6881	-0.0536	0.0828	-0.1295	0.1758	0.1913	-0.0707	0.2998	-0.3987	0.22	0.7437	-0.5526	-0.0341	0.3418	-0.0567	0.1001	49.3102	56.1503	236.8621
2	0.5592	-0.2671	0.544	0.8412	0.3084	0.8846	0.254	0.0596	-0.0275	0.1566	-0.0281	0.1245	-0.1853	0.137	-0.1087	0.3884	-0.3973	0.0794	0.7323	-0.0213	0.1427	94.4505	9.0859	210.5676
3	3.416	2.4603	-0.4164	-0.1887	1.3073	7.2892	-0.311	0.7566	0.0151	0.17	0.133	-0.1956	-1.0511	-1.1822	0.1176	1.5369	-0.0507	-0.0326	1.5629	0.3178	1.0639	36.3099	48.0198	269.2206
4	0.8921	0.6297	-0.9421	2.2753	4.2379	-5.9049	0.2538	-0.8213	-0.1166	-0.1086	-0.4587	0.2261	-0.4998	0.5892	0.1447	1.5715	-0.7492	-0.2839	1.7491	0.1753	1.0314	84.6145	-3.5441	178.5373
5	0.675	-0.1672	-0.0583	0.8713	-0.0359	1.7848	-0.0309	-0.1865	-0.0494	0.4839	0.1461	-0.1261	-0.0511	-0.1489	0.1054	0.4782	-0.3442	-0.0618	0.4179	-0.0247	0.1381	56.9953	67.6501	245.6928
6	0.5825	-0.1419	0.1094	0.5468	0.0533	2.1537	0.2486	0.3561	0.1819	-0.0397	-0.0446	-0.03	-0.2467	0.4179	-0.0368	0.3861	-0.3659	0.0657	0.6176	0.0138	0.1361	106.071	16.106	201.3483
7	-0.0792	-0.3272	-0.4977	0.7767	-0.1497	1.5635	-0.0848	0.1337	-0.0154	0.4139	-0.0026	0.127	0.3474	-0.0904	0.0759	1.3129	-0.26	-0.0312	0.7474	-0.003	0.2882	54.558	60.2206	286.8761
8	1.1886	-0.4136	0.6459	0.5782	-0.2617	0.2231	0.1245	0.3983	-0.0656	-0.0304	-0.0833	-0.019	-0.4014	-0.2563	-0.0673	0.5645	-0.1189	0.0208	1.2546	0.019	0.2276	97.0688	13.7171	160.4617
9	0.7655	0.0918	1.9501	0.9394	0.4846	3.0861	-0.2234	0.1983	-0.0461	-0.1963	0.2108	0.0763	0.3441	0.1623	-0.129	0.5606	-0.7091	-0.4944	-0.1006	-0.4858	0.208	47.961	56.8546	262.334
10	4.1605	3.3744	2.31	1.1442	-0.7692	3.3838	0.7378	-0.1835	-0.7886	0.2802	-0.5126	-0.2339	-0.2147	0.0394	-0.2337	0.1378	0.2125	-0.3236	0.36	0.6228	-0.0461	94.4424	7.4783	185.1516

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	113 - 417
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	113 - 417
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	418 - 423
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	418 - 423
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	424 - 865
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	424 - 865
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	113 - 0
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	113 - 0
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	872 - 906
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	869 - 888

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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