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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3aq1 | ||||||
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タイトル | Open state monomer of a group II chaperonin from methanococcoides burtonii | ||||||
要素 | Thermosome subunit | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / GROUP II CHAPERONIN / PROTEIN FOLDING (フォールディング) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Methanococcoides burtonii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.746 Å | ||||||
データ登録者 | Harrop, S.J. / Pilak, O. / Siddiqui, K.S. / De Francisci, D. / Burg, D. / Williams, T.J. / Cavicchioli, R. / Curmi, P.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: ENVIRON.MICROBIOL. / 年: 2011 タイトル: Chaperonins from an Antarctic archaeon are predominantly monomeric: crystal structure of an open state monomer. 著者: Pilak, O. / Harrop, S.J. / Siddiqui, K.S. / Chong, K. / De Francisci, D. / Burg, D. / Williams, T.J. / Cavicchioli, R. / Curmi, P.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3aq1.cif.gz | 168.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3aq1.ent.gz | 133.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3aq1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/3aq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/3aq1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1a6dS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53930.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanococcoides burtonii (古細菌) 株: DSM 6242 / 遺伝子: Mbur_1960 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12UN6 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.64 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6M AMSO4, 2.5%(v/v) dioxane, 0.1M Mes/NaOh pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年12月21日 / 詳細: osmic mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.73→21.505 Å / Num. all: 18736 / Num. obs: 18736 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 61.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 19 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1A6D 解像度: 2.746→21.505 Å / SU ML: 0.42 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.286 Å2 / ksol: 0.315 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.746→21.505 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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