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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a7y | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Trypsin complexed with (E)-4-((1-methylpiperidin-3-yloxyimino)methyl)benzimidamide (soaking 2hours) | ||||||
要素 | Cationic trypsin | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / In-Crystal Chemical Ligation / Digestion (消化) / Disulfide bond (ジスルフィド) / Metal-binding / Protease (プロテアーゼ) / Secreted (分泌) / Serine protease (セリンプロテアーゼ) / Zymogen (酵素前駆体) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 トリプシン / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / 消化 / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å | ||||||
データ登録者 | Yamane, J. / Yao, M. / Tanaka, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: In-Crystal Chemical Ligation for Drug Discovery 著者: Yamane, J. / Ooyabu, N. / Yao, M. / Tanaka, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3a7y.cif.gz | 66.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3a7y.ent.gz | 46 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3a7y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/3a7y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/3a7y | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3a7tSC 3a7vC 3a7wC 3a7xC 3a7zC 3a80C 3a81C 3a82C 3a83C 3a84C 3a85C 3a86C 3a87C 3a88C 3a89C 3a8aC 3a8bC 3a8cC 3a8dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, トリプシン |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 化合物 | ChemComp-O13 / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.82 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris-HCl, 30% PEG 3350, 0.2M Lithium Sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.81→50 Å / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.026 / Rsym value: 0.026 / Net I/σ(I): 41.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.87 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Mean I/σ(I) obs: 18.9 / Rsym value: 0.057 / % possible all: 91.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3A7T 解像度: 1.81→19.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.918 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.873 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→19.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.809→1.856 Å / Total num. of bins used: 20
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