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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3a34 | ||||||
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タイトル | Effect of Ariginine on lysozyme | ||||||
要素 | Lysozyme C | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / lysozyme (リゾチーム) / glycosidase / arginine (アルギニン) / Allergen (アレルゲン) / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Disulfide bond (ジスルフィド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium ...抗微生物ペプチド / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 小胞体 / extracellular space / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Ito, L. / Shiraki, K. / Matsuura, T. / Yamaguchi, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Implication of Arg bindings on aromatic surfaces of lysozyme for additives that prevent protein aggregation 著者: Ito, L. / Shiraki, K. / Matsuura, T. / Yamaguchi, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3a34.cif.gz | 43.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3a34.ent.gz | 29.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3a34.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/3a34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a3/3a34 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1helS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: EGG / 参照: UniProt: P00698, リゾチーム |
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-非ポリマー , 5種, 124分子
#2: 化合物 | ChemComp-ARG / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.44 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年7月15日 |
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→33.69 Å / Num. obs: 13045 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.048 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / % possible all: 48.7 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HEL 解像度: 1.65→33.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 1.831 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.941 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.69 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.651→1.694 Å / Total num. of bins used: 20
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